阿米巴病的诊断通常基于患者的临床表现、病史以及病原学检查。粪便中检测到阿米巴病原体是确诊的决定性依据，尤其是发现大滋养体，小滋养体或包囊的存在则可能表明感染者。
临床表现上，阿米巴病的特征不明显，病程缓慢，症状轻重不一，可能表现为肠道紊乱或类似痢疾的腹泻。若治疗无效，应考虑阿米巴病的可能性，尤其对于病因不明的腹泻病例。
病原学检查方面，包括粪便检查。活滋养体检查法需新鲜粪样，用生理盐水涂片在显微镜下观察，特征性的酱红色粘液样便和夏科一雷登氏结晶有助于与细菌性痢疾区分。包囊检查则通过碘液涂片法简单易行，鉴别细胞核特征。培养法虽有一定价值，但技术复杂且阳性率不高。组织检查如乙状结肠镜检查是诊断的黄金标准，滋养体应在溃疡边缘取材。
免疫诊断是辅助手段，如间接血凝、荧光抗体和酶联免疫吸附试验等，具有不同敏感性和特异性。其中，EALSA尤其有潜力。在难以确诊时，诊断性治疗如吐根碱或药物如安痢平、灭滴灵等也可作为初步诊断依据。
（痢疾阿米巴）（entamoeba ihstolytica Schaudinn,1930），主要寄生于结肠内，引起阿米巴痢疾或阿米巴结肠炎。痢疾阿米巴也是根足虫纲中最重要的致病种类，在一定条件下，并可扩延至肝、肺、脑、泌尿生殖系和其他部位，形成溃疡和脓肿。