阿米巴肠病的诊断需要精细鉴别，以排除其他类似的肠道疾病。
首先，与细胞性痢疾相区别，阿米巴病的初始症状可能更为急骤，伴随严重全身中毒症状。抗生素治疗有效，粪便镜检和细菌培养结果有助于诊断，这是它的一个关键特征。
血吸虫病则表现出不同的特点，发病较为缓慢，病程较长。有疫水接触史是重要线索，患者可能出现肝脾肿大，血液检查显示嗜酸粒细胞增多。在粪便中，可能发现血吸虫卵或孵化出的毛蚴，而肠粘膜活组织检查能直接证实虫卵的存在。
肠结核患者往往与原发性结核病有关，伴随消耗性发热、盗汗和营养不良。其粪便表现为黄色稀粥状，带粘液，且腹泻与便秘交替，胃肠道X线检查有助于识别其特征。
结肠癌患者多见于中老年人，排便习惯改变，大便变细，伴有进行性贫血和消瘦。晚期可触及腹部肿块。X线钡剂灌肠检查和纤维结肠镜检查是诊断的关键手段。
最后，慢性非特异性溃疡性结肠炎与慢性阿米巴病在临床症状上相似，但大便检查中不会发现阿米巴，且抗阿米巴治疗无效时，应考虑这种疾病的可能性。
（痢疾阿米巴）（entamoeba ihstolytica Schaudinn,1930），主要寄生于结肠内，引起阿米巴痢疾或阿米巴结肠炎。痢疾阿米巴也是根足虫纲中最重要的致病种类，在一定条件下，并可扩延至肝、肺、脑、泌尿生殖系和其他部位，形成溃疡和脓肿。