本按照刘备托孤的遗愿也是军政分离的。由益州派系将领李严掌管蜀汉军事大权，诸葛亮则掌管蜀汉内政大权。刘备这么做的目的就是担心蜀汉出现军政大权尽皆掌握的权臣。刘备把军政大权分开让蜀汉阵营中不同派系的人掌控，正是出于这个原因。也正因为李严和诸葛亮之间关系不睦，因此才更让刘备放心。本身刘备的托孤没有任何问题，但他却低估了诸葛亮的权力欲望。这就导致后来蜀汉陷入了诸葛亮专权的历史时期。
刘备死后，李严和诸葛亮最开始各司其职，也算是平稳过渡了。但不久后李严和诸葛亮之间的竞争就越发严重起来。李严因为官职比诸葛亮低，所以一直被诸葛亮稳压一头。李严一边给诸葛亮下绊子，一边又刺激诸葛亮低野心，甚至蛊惑诸葛亮进爵称王。诸葛亮这方面自然也对李严保持了相当高的警惕性。但也因为顾及影响没有对李严下死手。后来随着李严对诸葛亮低威胁越来越大，诸葛亮就上书刘禅参了李严一本。诸葛亮也凭借自己和刘禅的亲厚关系彻底搬到了李严，从此蜀汉形成了诸葛亮一家独大的局面。
诸葛亮有多么专权，从以下几方面就可以有所了解。刘备临终前嘱咐刘禅“与丞相从事，事之如父”。其大意就是要刘禅尊敬诸葛亮，多采纳诸葛亮的意见。刘禅也确实听刘备的话，在刘禅即位后，刘禅不仅对诸葛亮言听计从，还赋予了诸葛亮开府建牙的权利。允许诸葛亮“开府治事”。要知道刘备时期，刘备即使再信任诸葛亮，重用诸葛亮也不会允许他开府，因为这样一来就等于诸葛亮可以自成体系了。诸葛亮可以拥有自己的臣子，可见诸葛亮权势滔天。
从刘禅方面来看，虽然在刘备死后刘禅继承了皇位。但事实上刘禅并没有多少实际权力。蜀汉大权一直都握在诸葛亮手中，刘禅曾说过一句话“政由葛氏，祭则寡人”。用大白话说就是，国家大事全部由诸葛亮一言而决，刘禅自己就负责祭祀祖宗了。从这句话足见刘禅内心之中多么的悲愤。一个皇帝丝毫权利都没有，只能干一些无关痛痒的祭祀工作，可见诸葛亮专权有多么绝。
再说诸葛亮有没有野心，历史上李严曾蛊惑诸葛亮进爵称王，加九锡。诸葛亮听后虽然没有直接回复李严,但在《三国志·李严传》中记载，诸葛亮曾说过一句话“若灭魏斩睿，帝还故乡，与子并升，虽十命可受，况于九邪？”诸葛亮意思就是一朝一日灭了魏国别说九锡了，就是十锡也敢接受。由此可见诸葛亮未必没有野心。只不过曹魏还在诸葛亮明白篡不篡权都没有什么实际关系。由此也坐实了诸葛亮专权的事实。