如果修改后的“规章制度”与“劳动合同”有不一致的条款，建议企业同时和员工协商变更劳动合同相应条款。
根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题（二）》第16条规定，用人单位指定的内部规章制度与劳动合同约定的内容不一致的，劳动者如请求优先适用合同约定，人民法院应予支持。这里劳动者有了一个选择的权利，如果规章制度的规定对劳动者更为有利，劳动者当然也可以主张按照规章制度执行。这样一来，用人单位就落到了相对被动的境地。
还有些用人单位把规章制度作为劳动合同的附件，这样一来，修改规章制度内容实际上就是变更劳动合同，需要经合同双方协商一致，给用人单位造成很多不必要的麻烦。MBA智库文档