金元时期，道教的流传出现了分衍宗派、各行教义的重大变革。这些教派经过一番分化组合，最终形成了沿袭至今的全真道和正一道两大教派。全真道于金大定七年(1167)由王重阳在北方创立，主张以道为主，兼融儒释，它不尚符篆，不事释忏斋醮，注重内丹修炼。全真道为清修派，其教规比较严格，入教须出家蓄发和吃素。正一道由原龙虎山天师派、茅山上清派，皂山灵宝派及净明派等符篆派融合而成，元成宗大德八年(1304)三十八代天师张与材被授为正一派教主。正一道以《正一经》为主要经典，不重修持，主要宗教活动是符笑斋醮、降神驱鬼，其教规不甚严格，道士可以不居道观而有家室。金元时期，道教的发展曾有起伏，元初宪宗和世祖曾两次焚毁道经，打击道教，全真道受到较大挫折，至元成宗之后才逐步得到恢复。