1、起源不同
正一教的前身是产生于汉末的天师道。东汉末年，群雄并起，张角于中平元年（184年）二月率太平道起事后，张天师捉鬼的故事在民间流传很广。
全真道是在元朝的时候，由王重阳祖师在登州宁海创立的新的道派，因为丘处机道长与成吉思汗的良好关系，元朝时得以迅速发展。
2、教义不同
全真教力主三教平等。修持以丹功为主，兼修外丹符箓，主张性命双修，先修性，后修命。认为修真养性是道士修炼重阳祖师像唯一正道 ，除情去欲，明性见道，使心地清静，才能返朴归真，证道成仙。规定道士须出家住观，严守戒律，苦己利人。
对犯戒道士有严厉惩罚，从跪香、逐出直至处死。金元之际邱处机嗣教时，全真道得到大发展。
正一教主张信徒努力修道，"各安其位"，以达到"治国令太平"的理想；要求教徒遵守"忠孝诚信、行善积德"的道诫，"奉道诫，积善成功，积精成神，神成仙寿"。
3、祖庭不同
全真教有三大祖庭，分别为重阳宫、永乐宫、烟霞洞。
永乐宫，位于芮城县城北约三公里处的龙泉村东，全真三大祖庭之一，建在原西周的古魏国都城遗址上。这是一处在国内外得有影响的古建筑，它以壁画艺术闻名天下。这里的壁画，是我国现存壁画艺术的瑰宝，可与敦煌壁画媲美。
重阳宫，是天下道教祖庭，全真派圣地，又称为重阳万寿宫、祖庵，享有“天下祖庭”、“全真圣地”之盛名。位于陕西省西安市户县祖庵镇，距离西安市中心西南40公里。各类建筑共占地1.08万平方米，建筑面积1229.2平方米，纪念塔建筑面积105.6平方米，附设建筑面积222.5平方米。
重阳宫是全真派的三大祖庭之首，是全真道祖师王重阳早年修道和遗蜕之所。
烟霞洞，位于昆嵛山西北隅，全真三大祖庭之一，由一突兀岩石自然造化而成。洞室呈椭圆形，深7米，高3米，洞壁上刻全真教“ 烟霞洞”三个大字。洞内供奉着“七真人”雕像。洞外，峰峦环抱，壑谷幽邃，杉柞掩映，危岩矗立，石径回绕，逶迤多姿，奇秀壮观。
正一教为江西龙虎山正一观。
鹰潭龙虎山正一观 正一观最早的名称叫“祖天师庙”，是第四代天师张盛自四川回龙虎山“永宣祖教”，为祭祀祖天师而建的庙宇。宋代时改称演法观。明嘉靖年间称正一观。
现在的正一观是2000年在被毁正一观原地上按宋代建筑风格新建的，占地60余亩，座东朝西，南北对称，主要包括七星池、正门、仪门、钟鼓楼、元坛殿、从祀殿、祖师殿、玉皇楼、丹房、红门、廊庑以及生活用房等。整个建筑群灰瓦白墙，古朴典雅，气势雄伟。“正一神观”是龙虎山陆路八大景观之一。
参考资料来源：百度百科-全真道
参考资料来源：百度百科-正一教