1、第3集 终于捉到宠物小精灵了（小智的绿毛虫进化铁甲蛹）
剧情简介：白天更加漆黑的常磐森林，充满了许许多多的昆虫神奇宝贝，小智收服的第一只神奇宝贝─绿毛虫，却喜欢着害怕毛虫的小霞，产生了一些趣事。在收服了第二只神奇宝贝─比比鸟之后，火箭队为了夺取皮卡丘的行动，而比比鸟又在阿柏蛇及瓦斯弹的双重攻击下受伤，绿毛虫却以反败为胜的姿态更进化成铁甲蛹。
2、第42集 椰蛋树军团大前进（小智的小火龙进化成火恐龙）
剧情简介：小智一行人来到了一个嘉年华节，他们打算好好玩一玩。正当小智和小刚在跳舞时，小霞发现了魔术师马健，一个刚刚被助手抛弃的魔术师。被再三请求后，小霞当了马健的助手，可是他的魔术过于糟糕以致被老板开除。为了使马健重拾信心，小智等人想尽办法帮助他?
3、第45集 复活？化石小精灵（小智的火恐龙进化成喷火龙）
剧情简介：小智一行人来到了大傻谷，与宿敌小茂相遇，原来小茂和其他人都是为了发掘大傻谷的宝可梦化石而来。因为火箭队的捣乱，小智落入大傻谷地底下，并在那遇见菊石兽、化石盔等远古宝可梦?
4、第76集 小精灵联盟开幕 水之场地（小智的大钳蟹进化巨钳蟹）
剧情简介：小智一行人来到了某个村落路口，发现了小次郎的寻人启事并被带到了小次郎的家。但真相却是小次郎的父母设计将小次郎骗回家并要求与鲁美嘉结婚。不过小次郎的卡蒂狗将小次郎救出，小次郎道出离家出走的真相。他打败鲁美嘉后，小次郎重归火箭队后离去。
5、第82集 真新镇，新的出发（小智的比比鸟进化比雕）
剧情简介：小智靠著被激怒的喷火龙救下了皮卡丘。事后，大木博士拜托小智一行人前往橘子诸岛的岱柑岛取回内木博士的特殊精灵球，小智欣然应允。刚出真新镇，小智遇上了一群烈雀和波波族群争夺地盘，为了救出被大嘴雀围困的波波们，小智派出自己的比比鸟，带领野生的波波和比比鸟抗争。过程中，比比鸟进化为大比鸟。为了保护波波们，小智将大比鸟留下来保护波波们。