没有影响 只要公司签三方，毕业签合同（好像这也需要录用证明的）。至于档案户口，如果公司接受档案户口的话，可以去公司打个录用证明，交给学校，和学校讲清档案户口挂在哪里。
如果公司一定要签三方的话的话，可以写个申请到院里说你的三方丢了，重新发一个。
三方协议是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》的简称，它是明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。
协议在毕业生到单位报到、用人单位正式接收后自行终止。三方协议一旦签署，就意味着大学生第一份工作就基本确定，因此，应届毕业生要特别注意签约事项。
作用：
三方协议一旦签署，就意味着大学生第一份工作就基本确定。因此，应届毕业生要特别注意签约事项。大学生签三方协议前，须认真查看用人单位的隶属，国家机关、事业单位、国有企业一般都有人事接收权。
民营企业、外资企业则需要经过人事局或人才交流中心的审批才能招收职工，协议书上要签署他们的意见方能有效。应届毕业生还要对不同地方人事主管部门的特殊规定有所了解。对应届毕业生的影响不大。
一旦应届生违约会有以下后果：
《高校毕业生就业协议书》一经毕业生、用人单位、学校签署就具有法律效力，任何一方不得擅自解约，否则违约方就要向权利受损方支付协议条款所支付的违约金，从实际情况来看，就业违约的多是毕业生。
毕业生违约，除本人应承担责任、支付违约金外，还有对违约毕业生的处理规定。
毕业生一旦违约必须承担违约责任，在征得用人单位的同意、支付违约金之后才可以重新签约。毕业生重新签约时，必须办理完毕与原单位签约单位的解约手续（有原签约单位的书面退函，缴纳完成违约金），然后将原协议书上交还招生就业工作处，并换取新的协议书。
三方协议一经签订，就意味着大学生第一份工作基本确定。因此，应届毕业生要特别注意签约事项、高校就业办的一位老师说，大学生再签三方之前，要认真查看用人单位的隶属。国家机关、事业单位、国有企业一般具有人事接受权。民营企业和外贸企业则需要经过人事局和人才交流中心才能招收员工，协议书上要签署他们的意见才能生效，应届毕业生应该要对不同的人事主管部门有所了解。
参考资料来源：百度百科-三方协议