（一） 主体不同
就业协议适用于应届毕业生与用人单位、学校三方之间，学校是就业协议的鉴证方或签约方，就业协议对用人单位的性质没有规定，适用任何单位。
劳动合同只适用于劳动者（含应届毕业生）与用人单位（不含公务员单位和比照实行公务员制度的组织和社会团体以及军队系统）之间，与学校无关。
（二） 内容不同
劳动合同的内容涉及劳动报酬、劳动保护、工作内容、劳动纪律等方方面面，更为具体，劳动权利义务更为明确。
（三） 时间不同
一般来说就业协议签订在前，就业协议应在毕业生就业之前签订，而劳动合同往往在毕业生到用人单位报到后才签订。
（四） 目的不同
就业协议是毕业生和用人单位关于将来就业意向的初步约定，是对双方的基本条件以及即将签订的劳动合同的部分基本内容的大体认可，是编制毕业生就业方案和将来双发订立劳动合同的依据。
（五） 适用法律不同
签订协议时应注意的问题：
1、 查明用人单位的主体资格
2、 按规定的程序签订协议
3、有关条款的内容必须明确
4、注意与劳动合同的衔接
5、 对合同的解除条件做事先约定
1.有劳动合同法，可以维护劳动者权益。但是没有“协议法”去维护劳动者合法权益，这方面容易钻空子。
2.现实合同制比较常见，其实协议只是合同的补充部分。
劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳务合同一般指的是雇佣合同。劳动合同是用人单位与劳动者之间确定劳动关系的用工合同，是以劳动者成为用人单位内部员工为目的的；劳务合同是提供劳务一方为接受劳务一方提供服务的合同，以提供劳务方的劳动行为为合同标的的。
就业协议和劳动合同的主要区别，我在公众号 零点讲法 里面听过他们的音频，现将音频参考资料和主要知识点摘录如下：
音频参考资料：就业协议和录取通知书可以替代劳动合同吗？
区别一：概念不同，就业协议主要是普通高等学校毕业生和用人单位在正式确立劳动人事关系前，经双向选择，在规定期限内确立就业关系、明确双方权利和义务而达成的书面协议协议在毕业生到单位报到、用人单位正式接收后自行终止。终止以后呢，企业就应该和毕业生签订书面的劳动合同，而劳动合同呢它的内容一般更加广泛，它一般包括劳动合同的期限工作内容，劳动保护条件，劳动报酬 劳动纪律，劳动合同终止的条件，以及违反劳动合同的责任等条款。双方呢，还可以在法律法规允许的范围内，就试用期商业秘密的保护和补充保险福利待遇的内容来进行另外的一些约定
区别二：就业协议和录取通知书的纠纷呢一般不属于劳动关系的一些纠纷
区别三：就业协议和录取通知 直接由人民法院进行管辖，而劳动合同的相关争议纠纷呢需要先申请劳动人事争议仲裁，不能够直接向法院进行申请。