《城市房屋权属登记管理办法》是之前的建设部（现为住房和城乡建设部）制定的，属于行政法规，第十七条规定规定办理产权登记时间是90天。
你和开发商签订的合同属于《合同法》调整，是属于私法，遵循当事人意思自治原则，只要不违反法律的强制性规定，你们双方协商一致的约定就具有效力，就要遵守。你们的约定虽然不符合90天的法规规定，理应取缔（违反了取缔规范），但是不违反效力规范，具有法律效力的。开发商是比较奸滑的，要当心。
建议你，根据公平原则，在签订商品房买卖合同时，你们可以协商更改期限为90天，同时约定逾期履行的承担相应的违约责任（可以约定一定额度的违约金，也可以约定违约的损失计算方法）
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