【转】如何设计用于蛋白表达的引物设计自我总结

如题所述

初涉基因工程领域,对基因操作一窍不通,连PCR都没做过,只知道有一个蛋白,已知它的序列,要在体外把它表达出来,这就是我的任务。首先是引物设计,众所周知的三大引物设计软件,oligo、primer、lasergene(DNAstar),到底用哪一个呢?这里简单说一下这三大设计软件的特点:Oligo:对引物的分析功能十分强大,包括引物发卡结构,引物二聚体,Tm值和非特异性结合等等都能进行全面的的分析,并能生成详细的报告。毫无疑问,oligo的分析功能是最强大的,可惜的是它的自动搜索能力是三者中最弱的。Primer premier:具有强大的搜索功能,能按照不同的要求设计引物,并给引物打分,但是它对引物的分析功能远比不上oligo强大和全面。非常适合初学者。Lasegene:结合上述两者的优点,但搜索和分析功能都属于中规中矩。笔者在使用过程中发现一个严重的缺点,lasegene不能对引物进行编辑和修改,在这一点上Primer premier就做得好多了。软件各有所长,使用哪个软件完全取决于自己的习惯和爱好。但不论使用哪个引物设计软件,笔者认为,理解引物设计的基本原理是必要的。调阅读框不是调你目的基因的ATG,而是调你目的基因正确翻译的第一个密码子和表达载体的N端Tag的起始密码子ATG之间的碱基数要保持在3n。设计用于表达的引物,主要流程基本如下:1、选切点:按照MCS中的切点来选�2、调阅读框:主要是调N端和C端两个方向,由于一般载体都有N端的Tag,整个载体的翻译是从N端Tag的起始密码子ATG开始(ATG并不等于起始密码子,一定要注意只有RBS后第一个ATG才是起始密码子),你可以模拟你的片段已经通过酶切连到载体上,然后计算N端Tag的起始密码子到你的目的基因的第一个密码子(这里不一定是ATG,很多情况是部分表达或截断表达,这里顺带解决部分人的疑问,部分表达不用特别在目的片段前加一个ATG)之间的碱基数为3n,若为3n+1,你要在forward primer的5‘端,但要在酶切位点后随机加2个碱基,若3n+2,则加一个,捎带注意一下,加上去以后不要形成TAA、TAG和TGA。
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