中共中央十六届三中全会《关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决议》指出：“要按市场化的原则规范和发展各类行业协会，商会等自律性组织。”2007年国务院办公厅下发了《关于加快推进行业协会商会改革和发展的若干意见》。这些都是我国地质勘查协会办会的基本指导方针和发挥作用的根本出发点。
一、地质勘查行业协会的运作要遵循市场化原则
坚持市场化方向。通过健全体制机制和完善政策，创造良好的发展环境，提高地质勘查行业协会素质，增强服务能力。行业协会是企业与市场之间的社会经济中介组织，是市场经济体制不可或缺的中间环节。规范和发展市场需要行业协会做什么，行业协会就应当做什么。行业协会在我国市场经济体制中是一个新生事物，要认真学习市场经济国家行业协会在市场中办会的经验和做法，把握好自己的定位，切忌把行业协会办成行政机构的俱乐部。
二、行业协会必须规范化运作
行业协会要严格依照法律法规和章程独立自主地开展活动，切实解决行政化倾向严重及依赖政府等问题。要从职能、机构、工作人员、财务等方面与政府及其部门、事业单位彻底分开。行业协会是地勘行业各种所有制企业、相关经济组织和个人，依法自愿组成的社团组织，是自律性的和非经营性的行业组织，因此必须建立自主管理、自我约束的协会运行机制。协会制定并由会员代表大会通过、经民政部门批准的协会章程是协会规范化运作的法律依据。行业协会的运作，一定要实行民主办会，避免行政机关首长负责制和行政指令的运作方式。行业协会要建立和完善以章程为核心的内部管理制度，健全会员大会(会员代表大会)、理事会(常务理事会)制度，认真执行换届选举制度，实行民主管理，积极创造条件，培育一批按市场化原则规范运作，在行业中具有广泛代表性，与国际接轨的行业协会。
三、行业协会的工作要把为会员服务放在第一位
行业协会是以服务为宗旨的非政府组织，协会发展的基点是为会员服务。只有会员享受到了协会的有益的、真诚的服务，协会才有凝聚力，才能得到业内的认可，才能不断发展壮大。为会员服务要不分会员大小、“级别”，不分会员国有、民营，既要开展大的服务项目，也要做好细小琐碎的服务工作，行业协会要把为会员服务放在第一位落到实处。地质勘查行业协会组织，应掌握国内外矿产勘查行业发展动态，收集、发布矿产勘查行业信息；依照有关规定创办提供矿产勘查信息的报刊和网站，开展法律、技术、管理、市场等咨询服务；组织商业性矿产勘查培训，帮助会员企业提高素质；根据市场和行业发展的需要，举办矿产勘查交易展览会等，为勘查企业开拓市场创造条件；积极帮助勘查企业和地勘单位开拓国际市场。开展国内外经济技术交流与合作，联系相关国际组织，为矿产勘查“走出去”服务。
四、行业协会要做好行业自律工作
行政执法与行业自律相结合，是完善市场监管体制的重要内容。行业协会担负着实施行业自律的重要职责，要围绕规范市场秩序，健全各项自律性管理制度，制定并组织实施行业职业道德准则。地质勘查行业协会，应针对当前矿产勘查市场秩序混乱、假冒伪劣项目流行，大力推动行业诚信建设，建立完善地勘行业自律性管理约束机制，规范会员行为，协调会员关系，维护公平竞争的矿产勘查市场环境。
五、行业协会要处理好与政府的关系
坚持政会分开。理顺政府与行业协会之间的关系，明确界定行业协会职能，改进和规范管理方式。行业协会是企业和政府之间的桥梁和纽带。行业协会应接受民政部门的监督和有关政府业务部门的指导，代表会员的利益，向政府有关部门反映意见和诉求。协会体制要与企业体制、政府体制相协调，与政府有关部门建立良好的关系，不错位，不越位，定准行业协会在市场化中的位置，处理好与政府的关系。