现代海军的另一个主要作战舰种是潜艇。过去常叫做潜水艇，通常潜伏在水面以下300～600米处。
潜艇是在第二次世界大战初期发展起来的。最早制造使用的是德国，用它发放鱼雷，结盟军特别是英国造成很大损害，许多运输军火物资的军用和民用船只被击沉击毁。以后各国便相继发展潜艇和反潜的舰艇、飞机。
1954年美国建造了世界上第一艘核动力潜艇。1960年7月，美国第一次由潜艇在水下发射弹道导弹试验成功。从此，现代潜艇不但是海洋作战工具，也是对付航空母舰、护航舰艇的重要手段，而且它可以把导弹发射到地球上任何一个地方。
陆地上的一切，包括敌方的首脑机构、战略指挥中心、导弹发射基地、空军基地、工厂、城市、交通枢纽，等等，都可以成为潜艇的攻击目标。