按合同的总价款开具发票。但是付款是先付扣除质保金后的合同价款，质保金在质保期结束后按实际数目支付。
法律分析
质保金是信誉录会员对自己企业信誉的质量保证金。信誉录会员不仅要接受信誉评分、交易评价的监督，同时要接受质量保证金的监督。如果信誉录会员在合作的过程中违反了规则，则需要扣除其相应的质保金作为处罚。在建设工程承包合同中约定的质保金，有两种不同的含义：其一是指质量保修金，其二是指质量保证金。质量保修金，是由合同双方约定从应付合同价款中预留的，当标的物出现质量问题，需要进行修理时，用于支付修理费用的资金。质量保证金，是施工单位根据建设单位的要求，在建设工程承包合同签订之前，预先交付给建设单位，用以保证施工质量的资金。质保金按项目工程价款结算总额乘以合同约定的比例由建设单位或业主从施工企业工程计量拨款中直接扣留，且一般不计算利息。施工企业应在项目工程交工验收合格后的缺陷责任期内，认真履行合同约定的责任，缺陷责任期满后，及时向建设单位或业主申请返还工程质保金。建设单位或业主应及时向施工企业退还工程质保金。
法律依据
《建设工程质量保证金管理办法》 第二条 本办法所称建设工程质量保证金(以下简称保证金)是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。缺陷是指建设工程质量不符合工程建设强制性标准、设计文件，以及承包合同的约定。缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年，由发、承包双方在合同中约定。
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