个人所得税专项附加扣除申报方式有两种：一种由扣缴单位按月申报、另一种须等到年终汇算清缴时自行申报。
如果您选择申报方式为“通过扣缴义务人申报”，单位可以使用扣缴端软件，获取您填写的专项附加扣除信息，按月计算应预扣预缴税款后，向税务机关办理全员全额纳税申报。
在这种方式下，您可以在预扣预缴期间享受扣除。如果您未能及时报送，也可在以后月份补报，由单位在当年剩余月份发放工资时补扣，不影响享受专项附加扣除。
扩展资料：
自行纳税申报是指以下两种情形：
（一）纳税人取得应纳税所得后，根据取得的应纳税所得项目、数额，计算出应纳的个人所得税额，并在税法规定的申报期限内，如实填写相应的个人所得税纳税申报表，报送税务机关，申报缴纳个人所得税。
（二）纳税人在一个纳税年度终了后，根据全年取得的应纳税所得项目、数额、应纳税额、已纳税额、应补退税额，在税法规定的申报期限内，如实填写相应的个人所得税纳税申报表，并报送税务机关、办理相应事项。
参考资料来源：百度百科-个税申报
个人所得税专项附加扣除申报方式有两种：一种由扣缴单位按月申报、另一种须等到年终汇算清缴时自行申报。
1、由单位（扣缴义务人）按月帮你预扣预缴，这是什么意思呢？
简单来说，如果纳税人申请了子女教育专项附加扣除，任职单位每个月给纳税人发放工资时候，会对子女教育专项附加扣除进行预扣，当月就能享受到减税福利。
2、年终汇算清缴时自行申报，如何理解？
由纳税人在每个纳税年度结束后自行申报办理，次年享受减税福利！
这种方式下，同样是子女教育专项附加扣除，需要由纳税人本人在次年的3—6月份到税务局自行申报，进行汇算的时候统一进行扣除。
哪种申报方式更好？
这就需要看实际情况了！
如果想当月就能享受到减税福利的纳税人，并且有任职单位帮忙预扣预缴，子女教育、学历（学位）继续教育、赡养老人、住房租金和住房贷款利息专项附加扣除都可选择月度申报；
如果有大病医疗支出项目、或者是不愿意将专项扣除信息报送给任职单位的纳税人，以及没有任职单位帮忙预扣预缴的纳税人，就可选择按年自行申报了。
这两种申报方式都能让纳税人享受到减税的优惠，只是一种先享受、另一种后享受而已。