1985年英国加的夫考古学院的鸟类古生物学家F•霍尔和古物理学家C•维克拉马辛却对始祖鸟化石提出疑义，认为始祖鸟化石是伪造的，只不过是在标准的爬行动物骨骼上，人为地配上美丽的装饰羽毛而已。以色列物理学家L•史培纳在伦敦自然博物馆的支持下，拍摄了化石标本的照片，并刊登在当时英国的《摄影月刊》上。照片上清楚地显示出羽毛上下模型的叠影和羽毛下的涂胶痕迹。说明伪造者是在普通爬行动物骨骼上粘上羽毛，并翻模制作成的“始祖鸟化石”。霍尔和维克拉马辛在取样并仔细检测了化石标本后又提出证据：化石标本上的一道裂缝是用工具人为敲击的结果；翅膀化石部分的枝叶晶体与其他部分的截然不同；况且，化石骨骼没有龙骨突和胸骨，说明此种动物根本不会飞翔，这就从根本上违反了始祖鸟的概念——一支古爬行动物为了适应飞翔生活，前肢转化为翼，鳞片演化成羽毛。
霍尔和维克拉马辛的观点引起了古生物界的一场激烈的争论。许多科学家对此表示赞同，伦敦自然博物馆的A•查利基先生说，他简直不相信过去的古生物学家何以把鸟类的进化描绘得如此栩栩如生，也许伪造者正是利用人们急于揭示鸟类进化的紧张心理来达到一鸣惊人乃至流芳百世的目的。
最近，收藏始祖鸟标本的英国伦敦自然博物馆两栖类、爬行类、鸟类馆馆长A•克利格及其同事们，正式撰文反驳了霍尔和维克拉马辛的观点。他们认为始祖鸟化石绝非赝品，其依据是：用显微镜观测，化石标本没有任何涂胶的痕迹；标本上的一道裂缝几乎成直线，人工不可能敲击出这种形状，这是最基本的概念；用紫外线摄影检测，整个化石与枝叶部分的晶体结构和分布是完全一致的。克利格等人说，世界上许多科学家已不再对始祖鸟的真实性持怀疑态度。
霍尔与维克拉马辛却不理会这些反驳论据，他们要求从化石标本上取样重新进行测定，但却遭到博物馆的拒绝。克利格说，除非他们自己发现了明显的可疑点，化石标本不再钻孔化验，并一概谢绝外借。
始祖鸟真的是鸟类祖先吗？研究发现，它或许不会飞