肇源县人事局设有多个职能机构，以确保高效运作和管理。首先，办公室负责综合协调全局工作，包括文件起草、政务信息处理、会议组织、公共关系、财务管理和人事保密安全等工作。它还负责局内建设和业务建设的监督。
其次，考试录用股负责公务员的考试录用政策实施，组织各类工作人员的考试和录用，以及事业单位人员的管理和军队转业干部的安置工作。此外，它还负责调动和干部调动审批等事务。
培训股主要负责制定并实施全县公务员的培训计划，以及落实上级的继续教育政策法规。
在人事管理方面，考核奖惩股承担着贯彻和执行公务员职位分类、考核奖惩等政策法规，制定目标考核体系和分类办法，以及审核和组织奖励表彰活动。
工资股负责工资和津贴补贴的政策实施，包括新入职人员工资定级、转业干部工资待遇等审批工作。
福利股则负责退休政策的贯彻执行，以及相关单位人员的离退休审批。
职称股专注于专业技术人员职称改革，包括评审、聘任、资格评定等，并管理专业技术职务设置和资格制度，审批初级专业技术职务任职资格。
县编委办公室设有一个编制管理股，负责机构编制文件管理、计划制定和文字起草工作，全面管理全县党政群机关和事业单位的机构编制。