SNP怎么进行卡方p值分析

Question

如题所述

Answer 1

将每个SNP作为固定因子进行回归分析。
MLM模型中，将每个SNP作为固定因子进行回归分析，将亲缘关系矩阵（kinship或者A矩阵）作为随机因子，进行SNP的显著性检验，P值就是GWAS分析的p-value，effect就是SNP的effect值。
如果有其它因素需要考虑，就放到协变量里面，比如性别，PCA，Q矩阵等。MLM和GLM不同的就是它考虑kinship的影响。重点是对每个SNP做回归分析，提取effect和p-value。