在平定太平天国的过程中，曾国藩的湘军起到了至关重要的作用，没有湘军清朝就无法击败太平军。湘军在江浙一带杀戮百姓，掳掠平民，杀伐不可谓不烈，原因主要有两点：其一、湘军是雇佣军，需要靠掳掠平民得战利品；其二、为了摧毁太平天国的群众基础，湘军无差别的屠城戮民。太平天国运动死伤三千万至五千万人，这其中大部分都是清军造成，不能全说成是太平军所为。
1852年太平军出广西，进湘鄂，所向披靡，清廷深感绿营和八旗兵已不足用，便饬令各省举办团练，以助"攻剿"。1853年曾国藩奉命帮助湖南巡抚张亮基督办湖南团练，后来曾国藩认为团练不足恃，决定组建一种新的军队，这就是湘军。湘军大体上仿照明朝戚继光的营制，以营为基本单位，直接受"大帅"统辖。每营编营官一名、哨官四名、勇丁五百人，另配长夫（辎重兵）一百八十人，合计每营六百八十五人。
湘军属于雇佣兵，士兵自选，将领自任，武器粮响自筹，训练自行安排，这种制度形成了兵为将有的局面，将帅要负责所有将士的军响与善后工作。湘军的军响主要靠从地方征税而来，二是通过卖官募捐而来，湘军士兵的军响比绿营兵高二至三倍。湘军士兵的月薪6两银子，绿营兵只有2两银子。为了提高士兵们的收入，湘军入城后一般都会劫掠百姓，杀人放火是常态。
湘军与太平军在江渐地带鏖战多年，江南地区百里无人烟，千里有尸骨。对战乱区的百姓而言，他们都是鱼肉，太平军跟湘军都是刀俎：太平军来了，抓壮丁入伍，不从者以清妖罪名处斩；湘军来了，劫掠百姓，不从者以长毛叛逆罪处斩。百姓无所适从，在战乱中颠沛流离，死伤者不计其数。
相对而言，太平军的军纪甚好，他们不奸淫妇女，不劫掠百姓，不焚烧民房，只是拉丁入伍。湘军则是攻一城屠一城，伐一地灭一地，完事后全部说成是太平军所为。当时许多文人记载为：民不恨贼而恨兵，贼如梳，兵如蓖。这里的贼指太平军，兵指湘军；”贼如梳“是指太平军洗劫富户，”兵如蓖“是指湘军无差别掠民。
曾国藩本人在同治二年《沿途察看军情贼势片》里也承认：太平军禁止奸淫、听民耕种、民间耕菠与贼各分其半、傍江人民亦且安之若素。湘军攻下安庆城后，将安庆城内的老百姓几乎屠尽，至今安庆农村有民谣：鲜血满城流，死尸满街头，谁是杀人凶，湖南曾老九。当然曾国藩本人也写过一篇《爱民篇》要求湘军要爱护百姓，但是也仅仅是写在纸上。
南京城破后，湘军制造了大屠杀，这场大屠杀一直持续了十余日。他们杀人的目的并不是为了占领城池，而是为了抢劫财物和奸淫妇女。曾国藩上报天京战役时说：曾国荃率所部在南京城内分段搜杀，三日之间毙贼共十余万人。秦淮长河尸首如麻。清人记载：金陵之役，伏尸百万，秦淮尽赤；号哭之声，震动四野。尽管湘军战斗力强，但是屠城杀人，确实过于残暴！