1、开票主体不同：普通发票可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购使用普通发票，专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用，小规模纳税人需要使用的，只能经税务机关批准后由当地的税务机关代开。
2、印制的机关不同：根据《税收征管法》第二十二条规定专票由国务院税务主管部门指定的企业印制；其他发票，按照国务院主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。未经前款规定的税务机关指定，不得印制发票。
3、发票内容不同：普票内容一般包括：票头、字轨号码、联次及用途、客户名称、银行开户帐号、商（产）品名称或经营项目、计量单位、数量、单价、金额，以及大小写金额、经手人、单位印章、开票日期等。专票除了上述内容外，还包括纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率、应纳增值税额等。
专票开具注意事项
不管是生产型的增值税，还是消费型的增值税，均要求增值税一般纳税人购进固定资产取得专用发票必须到主管国税机关进行认证，防止产生滞留票。
对不允许抵扣固定资产的进项税额，其进项税额直接增加固定资产的成本即可。增值税转型后，增值税一般纳税人购进机器设备等固定资产的进项税额允许从销项税额中抵扣，应征消费税的小汽车、摩托车和游艇，以及房屋、建筑物等不动产仍然被排除在允许抵扣范围之外。
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