加盟店与连锁店的主要区别：
1、产权关系不同。加盟连锁（特许连锁）是独立主体之间的合同关系，各个特许加盟店的资本是相互独立的，与总部之间没有资产纽带；而直营连锁店都属于同一资本所有，各个连锁店由总部所有并直接运营、集中管理。这是加盟连锁与直营连锁最本质的区别。特许经营总部由于利用他人的资金迅速扩大产品的市场占有率，所需资金较少。相比之下，直营连锁的发展更易受到资金和人员的限制。
2、法律关系不同。加盟连锁（特许连锁）中特许人（总部）和被特许人（加盟店）之间的关系是合同关系，双方通过订立特许经营合同建立起关系，并通过合同明确各自的权利和义务。而直营连锁中总部与分店之间的关系则由内部管理制度进行调整。
3、管理模式不同。加盟连锁（特许连锁）的核心是特许经营权的转让，特许人（总部）是转让方，被特许人（加盟店）是接受方，特许经营体系是通过特许者与被特许者签订特许经营合同形成的。各个加盟店的人事和财务关系相互独立，特许人无权进行干涉。而在直营连锁经营中，总部对各分店拥有所有权，对分店经营中的各项具体事务均有决定权，分店经理作为总部的一名雇员，完全按总部意志行事。
4、涉及的经营领域不完全相同。直营连锁的范围一般限于商业和服务业，而加盟连锁（特许连锁）的范围则宽广得多，除商业、零售业、服务业、餐饮业、制造业、高科技信息产业等领域。
通俗一点可以这样理解：
连锁分为两种：
一种为自营连锁： 唯一法人，所有分店都为自己投资建设，统一采购，统一配送、统一标识、统一营销策略、统一价格、统一核算。
另一种为加盟连锁：唯一的商标持有人，加盟者向持有人缴纳一部分品牌使用费，并按照持有人规范使用店的标志、色彩、形象等规范来建设新店。每店为独立法人。
连锁店包括加盟店，加盟店又称连锁加盟店，是连锁的一种形式;
连锁店,即是与总部的经营思路一致象肯德基那样的分店。
加盟店是店主做老板从总部进货自主盈亏的那种店。
连锁店是一个店发达了，又开了一堆店 ，加盟店是一个店发达了，想开连锁但又怕麻烦，就请别人来加盟，合作共赢。
许加盟店的资本是相互独立的，与总部之间没有资产纽带。而直营连锁店都属于同一资本所有，各个连锁店由总部所有并直接运营、集中管理。
直营店是指由总公司直接经营的连锁店，即由公司总部直接经营、投资、管理各个零售点的经营形态，加盟连锁（特许连锁）中特许人（总部）和被特许人（加盟店）之间的关系是合同关系，双方通过订立特许经营合同建立起关系，并通过合同明确各自的权利和义务。而直营连锁中总部与分店之间的关系则由内部管理制度进行调整。
特许经营仅是连锁经营的一种模式，连锁经营除了特许经营模式还有直营连锁和自有连锁。特许经营、直营连锁和自由连锁经营三种模式组成的连锁经营模式被称为 “零售行业的第三次革命”，三种模式通过专业分工、集中管理实现规模效益，虽然都是能提高商业效率的经营模式，但特许经营模式与直营连锁和自有连锁还是有区别的。
自由连锁成立的目的是为了抵制大型直营连锁对经营资源的垄断，它由一个或几个独立的商业主体作发起人，以合同为纽带把众多商业主体联合起来，成员店经营的商品，全部或大部分从合同约定的渠道进货。
对应的，该渠道也必须向参与者（成员店）提供约定的服务，实现共赢，然后逐渐壮大整个组织，最后形成可以对抗直营连锁的商业集团。直营店是总部自己投资的，直接管理的，连锁店是给总部交了加盟费保证金之类的，也是要按照总部的经营模式，直营店的店长是总部派的员工，而加盟店是自己当老板。