在卡卡西年仅12岁，即刚刚成为上忍之时，波风水门带队去神无毗桥执行的一次任务，水门班和鸣人那组则刚好相反，来自优秀的宇智波一族的带土并不是队中的精英，而是个个性格比较胆小、易哭的人，故常被卡卡西耻笑为爱哭鬼。 因此最开始宇智波带土和卡卡西虽在同一队，但彼此的性格也不是非常合得来。带土在整篇中虽然比较胆小，但对同伴很重视，他得知琳被敌人抓走后立即要求卡卡西一同放弃任务也要先救伙伴。
后来带土了解到：卡卡西的父亲木叶白牙是一位了不起的伟大忍者，但在一次执行任务中，为救同伴选择了放弃任务，结果给村里带来了巨大的损失，他的父亲受村人仇视，就连所救的伙伴也反过来指责他，木叶白牙终其辉煌的一生含恨自尽。幼年卡卡西亲眼目睹其父含恨而终，从此以后，卡卡西变得冷漠，并且坚持认为，身为忍者，不能被感情所牵绊，有时候为了完成任务，同伴的牺牲也无法避免。
由于琳在任务中被岩忍们掳去，带土要求立即先拯救小琳，但是如果这样的话任务很可能会面临失败，火之国将重蹈当年父亲面临的失败，卡卡西毅然决定先执行任务，后解救琳，并且还说感情这种东西只是执行任务的绊脚石，面对卡卡西的这种冷漠，带土非常气愤，临走前他对卡卡西说“违反忍者规定的人，我们称之为废物。可是，不懂得重视同伴的人，连废物都不如！”并补充说道：“木叶白牙才是真正的英雄！”卡卡西表面若无其事，但内心已有所动摇，踟躇不前，终究他定下决断，先救同伴，赶来的卡卡西为了救带土而伤到左眼。在他们成功救回琳返回的过程中，卡卡西被左方来的碎石击中并倒在地上，带土看见，立刻赶回来救卡卡西，自己却被压在巨石下，右半身粉碎。临终前带土让小琳用医疗术将自己的左边完好的写轮眼，连眼轴一起移植到卡卡西受伤的左眼处，并对卡卡西说：他希望自己能成为卡卡西的左眼，帮助他看清未来。而卡卡西每每迟到几个小时的理由也是因为去慰灵碑前看望带土。神无毗桥之战，这一天，木叶产生了两名拥有写轮眼的英雄，其中一人的名字被刻在了慰灵碑上，另一个就是在忍界赫赫有名的“复制忍者卡卡西”。 在神无毗桥之战后不久，卡卡西和琳就遭遇到雾忍的袭击，当时体内已经被雾忍们植入三尾的琳为了保护木叶不受三尾的袭击而选择死在卡卡西的雷切之下。卡卡西则由于先后失去带土和琳这两位同伴而大受打击，身体和精神都受到连续不断的噩梦折磨。 身为卡卡西曾经老师的波风水门为了让卡卡西摆脱这种状态而请求他加入暗部，卡卡西也自此开始了他的暗部生涯。
此部分为动画原创的卡卡西暗部篇，请读者自行阅读相关内容。（动画569-581集）
一进入暗部的卡卡西被水门安排看护正在妊娠期的漩涡玖辛奈，卡卡西游刃有余的完成了任务（其实是水门和三代火影商量好为了消除卡卡西心中的黑暗）。直到漩涡鸣人出生，水门为保护村子而牺牲为止。
水门死后三代目火影重新担任了火影一职，而志村团藏为了夺取村子的控制权利用了卡卡西心中的黑暗，诽谤三代火影。卡卡西陷入了困境，然而卡卡西跟三代火影的谈话消除了心中的疑惑。志村团藏打算在三代火影前往火之国首都接受任命的途中了解他的性命，卡卡西中途背叛了团藏使得三代得以幸免。三代火影出于大局考虑赦免了团藏的过错。
在前几次的行动中卡卡西发现了团藏直属暗部-根中存在会使用木遁的忍者，年龄符合之前木叶失踪的一批儿童。在卡卡西潜入火影办公室查阅资料时被三代火影发现，三代对卡卡西讲述了这一切的来龙去脉，并告诉卡卡西切勿轻举妄动。
经过一连串的事件以后，大蛇丸的人体实验暴露，但是面对曾经自己最优秀的学生，三代火影无法痛下杀手，让大蛇丸逃脱，但重伤了大蛇丸。三代目指示暗部一定要将大蛇丸带回木叶，一旦大蛇丸叛逃敌国将会对木叶造成巨大的损失，卡卡西受命前往寻找大蛇丸。与此同时团藏表面上与三代目火影“合作”，实则为了帮助大蛇丸逃脱木叶的追杀，于是团藏派出了“甲（详见天藏）”前往秘密据点。
卡卡西误闯秘密据点被据点的人抓住，但甲暗中救了卡卡西一命，当卡卡西再度回到据点时，秘密据点的人已经全部被大蛇丸杀死，自己跟大蛇丸展开了战斗。大蛇丸自知再战下去对自己不利便撤退了，卡卡西对甲和据点唯一幸存的人说“我从来没有来到过这里，也没有见到任何人，更没有发现大蛇丸”，便离开了他们。
志村团藏的右眼是写轮眼，由于多次使用已经接近失明，而宇智波一族拥有写轮眼的成员又很难下手，故团藏决定夺取卡卡西的写轮眼。之后团藏假借任务为由使甲和卡卡西一同探查大蛇丸秘密据点。甲对卡卡西露出杀意时被卡卡西察觉并被反制，经过与卡卡西的一番对话之后甲消除了对卡卡西的疑惑。这时据点内白磷大蛇复活，卡卡西拼命保护甲，最后失去了知觉，但甲并没有夺取卡卡西的写轮眼而是背叛了团藏。最后卡卡西面见三代火影，将甲从根调离而分配到了暗部卡卡西所在的一组，甲恢复了原名天藏。 卡卡西的组缺少人手，于是宇智波鼬便加入了卡卡西所在的一组，期初鼬不被他人注意，反而招来了冷嘲热讽，但不久之后鼬的能力展现了出来令所有人惊奇并由衷的佩服，直到宇智波叛乱鼬出走木叶结束。卡卡西说过鼬加入了这么长时间自己却对他还是一无所知。
由于迈特凯等人在和卡卡西一同执行任务时亲眼目睹了卡卡西冷血的眼神，便连同同期忍者请求三代火影解放卡卡西让其成为担当上忍收徒，希望通过收徒改变卡卡西心中的黑暗，三代目火影同意了这个请求。
在成为担当上忍以后卡卡西立志不允许让不懂得珍惜同伴的人成为忍者，果然他所在的组通过率为0，卡卡西也在扪心自问如果当时波风水门发现自己根本没有团队意识的话会如何。同时怀疑自己的要求是不是太苛刻了。
三代目火影跟卡卡西谈话，再一次消除了卡卡西心中的疑虑，而曾经教过的学生们并没有恨他反而很感谢他当初的做法，更加坚定了卡卡西的信念，在学生们面前脸羞得绯红。
三代目火影打算让卡卡西负责新毕业的三个学生：漩涡鸣人、宇智波佐助、春野樱。 鸣人等人刚从学院毕业后，卡卡西就成为鸣人、佐助及小樱这些下忍的带队老师，但是卡卡西再为他们这些毕业生安排生存测试，若不能通过就要求他们重返学院学习。历年来均没有人成功通过卡卡西的下忍测试， 卡卡西的下忍测试，是要求鸣人他们在中午前，夺去绑在自己腰间的两个铃，由于只有两个，故此队中最多只有两人能成功通过考试，一人则被淘汰，被淘汰者非但没有饭吃，更可能被评为不合格而重返学院。卡卡西亦要他们以抱着杀死他的心，才有机会夺去他手上的铃。
三人当中，以鸣人的表现最差，他非但不隐藏起来，还大模大样地向他挑战，结果被卡卡西以体术秘技——“千年杀”击飞。之后又中了卡卡西设的简单陷阱，两度被吊在树上，被卡卡西批评为“只会横冲直撞，破绽百出”。
相反，小樱及佐助比较沉着，他们一开始就隐藏起来。佐助趁卡卡西向吊在树上的鸣人讲解时，掷出手里剑攻击他，但却只打中他的替身。后来再度遇上卡卡西，其身手及智谋，以及使出火遁·豪火球之术，令卡卡西不得不承认其天份。但最后仍被卡卡西以忍术土遁术·御杀斩首术埋在地下。卡卡西批评佐助只喜欢个人主义，不明白队伍合作的重要性。 至于小樱，一如以往只担心佐助。所以当佐助的偷袭失败后，就去找佐助。途中却中了卡卡西的幻术，身负重伤的佐助向他求救，她立刻被吓得晕倒。醒来后，误以为佐助真的有生命危险，故继续找佐助。但当看见被埋在地上，头部外露的佐助跟他说话时，便以为是死去的佐助在和她说话，二话不说再次晕倒。
结果，三人俱不能在中午时份抢到卡卡西的两个铃，鸣人更因欲偷走测试中准备的食物，被卡卡西缚在木柱上。卡卡西说他们三人跟本没资格当忍者，连返回学院的资格也没有。卡卡西也说出测试的真正目的，就是要他们表现“团队合作”的重要性，即使面对自己可能要被淘汰出局（因为只得两个铃），也能放弃个人利益，跟伙伴一起合作；那些只顾自己表现（如鸣人、佐助）及不重视同组的人（如小樱忽视鸣人），是不能做忍者的，之后又向他们展示了旁边石碑上殉职的英雄。
后来卡卡西“手下留情”，说又再给他们一次机会，但却不准许小樱及佐助给鸣人食物。就在卡卡西离开后，佐助深明卡卡西真正的意思，私下给鸣人食物；小樱看见后，又把自己的一份给鸣人吃。卡卡西突然出现，告诉他们已经过关，因为他们不像以往考生那样，没有自己的想法，亦没有重视伙伴的精神。 卡卡西和鸣人等人接受了C级任务，要护送建筑工人达兹纳回国，但途中遇上被波之国无良商人卡多雇佣的叛忍桃地再不斩和白，卡卡西两次力战再不斩。
第一次，卡卡西中了再不斩的计谋，被水牢之术困缚，幸好鸣人相救。之后卡卡西使用写轮眼，复制再不斩的水遁·水龙弹之术，将其击败。
第二次：卡卡西使出追牙术，困住再不斩，然后使出雷切，但这一招被被白拼死挡住了，见白已死，心灰意冷的再不斩牺牲了自己的性命，反过来把作恶多端的卡多杀死。根据他临终前的托付，卡卡西把再不斩、白连同再不斩的斩首大刀葬在一起。 在中忍考试中，卡卡西一直在旁边观看鸣人等三个学生的比赛。当佐助在第一战胜出后，卡卡西就把大蛇丸落在佐助的天之咒印暂时封著。然而却遇上了传说中“三忍”之一——大蛇丸来犯，意图带走佐助，卡卡西便向大蛇丸展示自创秘技--雷切及写轮眼，及警告大蛇丸如欲带走佐助，势必与他同归于尽。不过大蛇丸就暗示卡卡西跟本没有这种能力能杀死他，但亦没有立刻带走佐助，转眼便离开了。卡卡西亦深明自己没有杀死大蛇丸的能力。
后来卡卡西在第三场正式考试前，努力培训跟他有相同“雷”属性的佐助。
卡卡西对佐助进行了多日刻苦的训练后，终于让佐助完成可克制我爱罗“砂防御”的“千鸟”；并在佐助比赛资格快要被褫夺的一刻，及时把佐助送到中忍考试会场内。然而，就在佐助跟我爱罗进行激战之际，大蛇丸突然对木叶隐村发动了攻击，而佐助亦追赶被千鸟所伤的我爱罗。 另一方面，卡卡西则解开了音忍药师兜对会场观众所施的幻术，他命令春野樱把中了幻术的漩涡鸣人及奈良鹿丸（实际上早已自行解了幻术）唤醒，并跟忍犬帕克一起、前往阻止佐助追击我爱罗。大蛇丸更联同沙忍合力进攻木之叶，其间我爱罗的任务之一就是在大蛇丸进攻同时发动一尾，可惜由于他的情绪波动在中忍考试时已经发动了一尾，但被佐助的千乌所伤其后被带走，但之后他安定下来再次发动一尾，佐助赶上跟我爱罗大战，可惜佐助此终不敌一尾，一尾正想杀佐助之时呜人赶上更发动前所未见的力量最后和我爱罗两败俱伤。卡卡西则联同阿凯，应付密集如云的音忍及砂忍。结果大蛇丸行动失败，但三代火影亦付出了自己的生命。就在三代目火影的丧礼进行前，卡卡西自身一人前往英雄慰灵碑处，悼念从前死去的队友—宇智波带土。 就在木叶崩溃战后不久、百废待兴时，两名隶属于神秘组织——“晓”的S级叛忍来到了忍村。其中一人就是佐助的兄长宇智波鼬，另外一人是前“雾忍七刀众”之一的干柿鬼鲛。他们前来的目的，就是为了逮捕“九尾人柱力”——漩涡鸣人。中途却遇上了两名正在巡逻的上忍——猿飞阿斯玛及夕日红，并对战起来。但鼬及鬼鲛的实力实在太强，阿斯玛跟红不久就败下阵来。
此时，卡卡西刚好赶到，复制鬼鲛的水鲛弹之术，并把鬼鲛迫退。他质问鼬回来的目的，瞬间又跟鼬进行激战。他深知鼬写轮眼瞳术的厉害，所以劝阿斯玛及红把眼合起来，以免中了瞳术。卡卡西认为只有自己的写轮眼才可对付写轮眼，但谁不知鼬的写轮眼是进化了的万花筒写轮眼，实力已有一段差距；再加上卡卡西没有宇智波一族的血脉，不能熟练运用写轮眼，用了不久体力便应付不了。因此，鼬只使出了一招瞳术--月读，就令卡卡西的精神崩溃，像是快要被鼬千刀万剐似的，没办法再作战。 由于鼬知道卡卡西认识“晓”，所以便决定要把他带走，并让鬼鲛攻击阿斯玛及红。幸亏好友迈特凯及时赶到，把鬼鲛踢开，成功救出卡卡西、阿斯玛及红。鼬知道阿凯不是个简单的人物，不欲多战，便跟鬼鲛离去。而卡卡西则需到医院接受治疗，直到纲手把他救醒为止。 自佐助执行任务以来，多次需要鸣人的协助才能逃过危机，于是佐助开始对鸣人的能力感到嫉妒。卡卡西对此是非常清楚的，于是当佐助跟鸣人在医院天台对战时，他及时来阻止，并化解了他们的螺旋丸及千鸟攻击。之后佐助独自在树上沉思时，卡卡西便试图开解他，认为丧亲固然悲痛，但卡卡西自己也曾尝过这种滋味；卡卡西说：“现在你已经有鸣人这些朋友了，应放下复仇之事。”之后音忍四人众来找寻佐助更向他攻击，临走的时候跟佐助说如果想得到力量就来找大蛇丸，此话一直在佐助心中。卡卡西的一番话并未真正令佐助茅塞顿开。为了追寻强大的力量，佐助决定跟随音忍四人众叛离木叶隐村。
鹿丸四人小队和前去追，鸣人和佐助苦战也没有成功将他带回，佐助开启了大蛇丸的力量击倒鸣人后离开。纲手向卡卡西下达了S级任务，但是被卡卡西拒绝并表示这次是认真的。卡卡西赶到终结之谷时，佐助跟鸣人间之战斗已完结，只剩下鸣人倒卧在地上；他唯有把鸣人先带回村里医治，再行打算。 猿飞阿斯玛在对决晓不死组合飞段、角都时阵亡，第十班矢志为老师复仇。卡卡西主动请缨，暂作为第十班的队长，去寻找飞段、角都。甫一对战，卡卡西便用写轮眼看出了角都的土属性结印并以雷切破了其土遁硬化术并刺穿其心脏。谁知对方拥有多个从其他忍者抢来的心脏（连同本体的共五个）故能不死。并且角都能使用心脏所属属性的忍术。后飞段去攻击卡卡西，角都在后面攻击，企图利用飞段的不死之身将卡卡西消灭，所幸被卡卡西躲开。后卡卡西发动双手雷切替第十班成员挡去了角都的伪暗。这时候局面以一敌二，非常不利……连续的消耗使卡卡西喘不过气来；不过，最令卡卡西惊讶的，就是角都居然曾经跟初代火影对战过。
这时角都欲以卡卡西的心脏填补被雷切击破的心脏。面对近前的风火遁攻击，卡卡西用水阵壁抵挡，但风火克水；趁卡卡西不备，角都用“地怨虞”将他缚住，准备强行用血管挖出卡卡西的心脏。然而，卡卡西在之前就取得了角都的血液并把它交给鹿丸，飞段被鹿丸所骗误用角都的血液施行咒术，角都心脏被破倒地。但角都却突然全身的血管伸出，把卡卡西他们重重捆著，情况不利。卡卡西欲使出万花筒，这时大和及时和鸣人等赶到，最后角都被鸣人的风遁螺旋手里剑击倒。最后，卡卡西以雷切收拾倒在地上、动弹不得的角都，摧毁他最后一个心脏，及把角都的尸首带回木叶村给纲手研究。 佩恩六道突然来袭，木叶陷入混乱局面。正当伊鲁卡老师照料受伤的木叶忍者时，遇上了佩恩天道，幸得卡卡西及时相救而免招毒手。卡卡西快速躲开佩恩的攻击，并结印召出土流壁，欲以雷切攻击，却被佩恩神罗天征弹开。卡卡西又分出雷分身，发出雷犬试探。可是雷犬也被吸收。后修罗道也出现，联合万象天引，卡卡西的雷分身被破。此时卡卡西已经了解到佩恩的部分能力就是“类似于引力和斥力”的东西。二对一的情况绝对不利……秋道父子等赶到以超张手攻向佩恩，修罗道被之前破掉的雷分身击中，无法逃脱而被“打扁”。卡卡西告知丁次父子，佩恩能力的5秒间隔时间和自己的计划。随后，卡卡西佯装从地底突袭佩恩，佩恩被迫又一次使出神罗天征将卡卡西弹开，在天道走近卡卡西欲攻击他之时，秋道父子出动肉弹战车攻击佩恩，实则是要借佩恩的能力将他们弹开。佩恩以为只是单纯的攻击，却没想到卡卡西在实行地面攻击以前就将铁链布置在了地下。佩恩天道被牢牢地束缚在了中间，卡卡西用雷切致命一击。可是这时，未被杀死的修罗道却出现在卡卡西的雷切前，这为天道再次使用“神罗天征”赢得了时间。天道害怕卡卡西还有其他打算，打算和卡卡西保持一定距离，用钉子射向卡在废墟中无法动弹的卡卡西，但不知却被卡卡西用神威转移。
修罗道向丁次发射了跟踪导弹，此时卡卡西的查克拉已所剩不多，但是他最后发动了神威将导弹转移到异空间，保护了丁次逃离。因为卡卡西说：这是为了拯救木叶的最好方法——将自己好不容易得来的情报交给能离开的人。虚耗过度的卡卡西，想起了琳、带土、四代目老师以及他父亲……纲手通过通灵兽感知到卡卡西的状况后，愤怒的击毁一根柱子……鸣人回到木叶后，因变成仙人状态可以感觉到大家的查克拉，但没有感觉到卡卡西的查克拉。后鸣人成功说服佩恩的真身——漩涡长门，长门运用外道·轮回天生之术使全木叶村所有阵亡人复活。卡卡西在精神世界中见到父亲后醒来。 纲手在佩恩一战后仍然昏迷，火之国召开会议推选新的火影，卡卡西被奈良鹿久提名为火影候选人，并受到大名和高层认可，然而在团藏的影响下，大名任命团藏为六代火影。团藏下达了追捕佐助的命令，鸣人执意反对，卡卡西帮助开导鸣人，并对佐井表示信任。卡卡西、大和与鸣人三人小队暗地离开木叶，途中遇到雷影一行。鸣人跪地恳求无效，卡卡西也帮忙劝说未果。
“宇智波斑”不请自来，被大和用木遁束缚，卡卡西以雷切威胁带土说出目的。宇智波带土说了一番大道理以时空转移离开。我爱罗推荐旗木卡卡西，受到众影认可。
木叶与鸣人同期的众人商议由他们解决佐助。小樱作为代表与佐井、小李、牙一行找来，向鸣人表达了让他背负重担的歉意，鸣人不解其意，小樱愤而离去。佐井分身出现，说明真相，向鸣人解释了小樱的想法。众人惊讶，卡卡西已猜出大概，小樱想自己去解决佐助。随后，风影我爱罗一行来到，告知了卡卡西五影会议推荐他为火影之事。卡卡西表示他对火影之名没有兴趣，但既然需要他会担起这个责任。 五大忍国与“宇智波斑”之间的战争，忍者联军八万忍者集结主要分为五大连队。第三部队是中短距离支援部队，由兼备速度和体力的忍者构成，由旗木卡卡西担任队长。卡卡西结束和被秽土转生复活的雾隐七人众的战斗后，与阿凯在“斑”欲吸收鸣人的一瞬间夹击“斑”，但被带土发觉并且躲过，但救出了鸣人。在与“斑”的对战中因不敌“斑”，而与被“斑”召出的尾兽僵持，僵持一段时间后，尾兽集体准备发出尾兽玉攻击卡卡西与阿凯，危急时刻，卡卡西欲使出神威将尾兽玉转移，阿凯却认为尾兽炮过于巨大无法全部转移，欲牺牲自己开八门遁甲的第八门死门来抵挡尾兽炮，最终被鸣人尾兽模式所救，“宇智波斑”使用九大尾兽的查克拉复活十尾，忍者联合军抵达战场，在五忍村的接连攻击下将十尾暂时控制住，此时卡卡西已精疲力尽。此后被鸣人传输了九尾的查克拉以后，体力恢复。
鸣人用螺旋丸攻击带土，“斑”用宇智波团扇反弹。鸣人使出袖珍尾兽玉向“斑”发动攻击却穿身而过。迈特凯的攻击也是穿身而过。鸣人四人碰不到“斑”之身。一切皆为徒劳.......
卡卡西趁机用神威试图拧下外道魔像的脑袋，被带土神威解除。鸣人等无法对魔像下手，只能先击败带土。卡卡西扔了一只苦无，还是穿身而过，苦无飞向鸣人。苦无被卡卡西用神威传送走。攻击结束后，带土面具上多了一道裂痕。卡卡西认为产生裂痕的成因是被传送到异空间的苦无！卡卡西的神威异空间和面具男异空间相通！随后在异空间把带土炸伤的螺旋丸证明了这一点。
卡卡西质问面具男：“你是从哪得到那只眼睛的！？”“宇智波斑”回答：“硬说的话，是在神无毗桥之战！”卡卡西震惊地准备说出面具男的名字。卡卡西用神威将鸣人分身转移到异空间，“斑”未注意。在异空间“斑”面具被鸣人分身螺旋丸打碎。宇智波带土的身份终于呈现出了。
卡卡西质问带土为什么走上这样一条路，带土冷冷的回答：“我的生死已经无关紧要了..如果要问我为什么会活下去的话……也是……因为你对琳……见死不救！”卡卡西惊诧了......卡卡西质问带土，你为什么要和那样的人渣联手。带土回应卡卡西：“我对你已经无话可说，剩下的..只有这最后的决战！”
带土将查克拉变为数十个巨型螺旋手里剑扔出，卡卡西发动土遁防御，但被带土穿过。卡卡西问为什么，带土说闭嘴废物。砍伤卡卡西的腿，阻止卡卡西逃跑用神威将其吸入异空间。卡卡西怀念少年带土，承认自己是个废物说：“带土对我而言....你一直是个英雄....”。卡卡西神威扭开异空间出来。卡卡西再问带土为什么会变。带土转身跳起用膝盖重创了卡卡西，用双十字手里剑戳穿卡卡西胸膛，瞬间血流不止。卡卡西忍痛说：“...木叶的英雄...为什么会走到这个地步...”带土回应：“在这个苟活的忍者世界里，谁都会变成废物！包括你我！所以我决意要摧毁它，创造一个新的世界！”。“废物就别发声了，去死吧卡卡西！”。
鸣人说我绝不会让同伴受伤！分身保护了卡卡西。卡卡西看着鸣人说：“带土，你昔日的意志仍与我同行。我现在能做的，就是保护好活着的鸣人！”带土使出木遁束缚住九尾鸣人，要用神威再将卡卡西吸入，但正处于虚弱的卡卡西被吸入进去后就无法有发动神威的查克拉，一旦被吸入就无法出去。情急之下无法动弹的的鸣人用脑门撞了带土。带土被撞飞。这时九尾把大量查克拉传给了卡卡西。带土却趁机把卡卡西吸到异空间.......九尾攻击带土，带土虚化。在异空间的卡卡西趁机袭击带土。带土被重伤。
带土和卡卡西进入了异空间进行单独对决。两人宿命的决斗开始。琳当年的死因大白，原来琳是自愿死在卡卡西的雷切下的，而宇智波带土竟然知道这一切。宇智波带土故意让卡卡西打穿自己的心脏，指着没有心脏的身体对卡卡西说：“你给我好好看看清楚，我的心已空无一物！就连疼痛都无法感觉到！丢掉那所谓的愧疚之心吧.卡卡西，掏空这个风穴的正是这地狱般的世界！”
带土向卡卡西提出用幻术来弥补心中空洞的决议。但卡卡西并没有接受带土的提议，将幻术下呈现出的过去的带土与琳击败，带土十分愤怒。
两人开始了宿命的决斗。
带土假装被卡卡西击败，目的是为了摆脱斑的咒印控制，成为十尾人柱力。临走时说：“这场比试..就算你赢好了..但是这场战争的胜利..绝不相让！带土复活了十尾，成为十尾人柱力。
带土被鸣人等木叶十二忍击倒后奄奄一息，卡卡西突然从异空间出现。想杀死带土，以亲手了结二人之间的宿命羁绊。水门不让卡卡西动手，并对两个人进行教诲，指出卡卡西没有及时从内心深处救赎带土的错误，卡卡西第一次吐露心迹。
漫画674话中卡卡西的写轮眼被宇智波斑挖走并装在斑身上，斑利用写轮眼进入了异空间，试图夺回带土的左眼轮回眼并成功。
漫画675话，卡卡西失去的左眼被鸣人用六道仙人馈赠的力量复原（普通眼睛）。在677中卡卡西和原第七班成员（漩涡鸣人，宇智波佐助，春野樱）被佐助的完全体须佐能乎保护，没有受到无限月读的影响。
无限月读开启后卡卡西提出将第七班领导权交给拥有轮回眼的佐助，遭到了鸣人的反对、但佐助并没有表示出自己真实的想法，之后宇智波斑遭到了黑绝的背叛，黑绝利用斑复活了大筒木辉夜。
大筒木辉夜复活后，小樱本想冲上前去但被卡卡西制止，劝诫小樱不经过思考的行动毫无意义。之后辉夜发动术时卡卡西、小樱和带土险些掉入岩浆中，卡卡西一面用一端系着苦无的卷轴救了自己和小樱，另一边用苦无定住了带土的一只手使他免于掉入岩浆中。最后在佐助和鸣人的帮助下成功脱险。与鸣人，佐助一同对抗大筒木辉夜。
一息尚存的带土利用辉夜进出时空间的空档使用神威成功与小樱和卡卡西进入到神威的时空间中，带回了佐助。
佐助回来以后辉夜打开了超重力场，企图用尸骨脉干掉鸣佐二人，但尸骨脉被卡卡西和带土挡下，带土用神威转移掉了卡卡西挡住的卡卡西救下了他，自己却光荣牺牲，在另一个世界里见到了野原琳。琳为卡卡西和带土仍然连有很深的羁绊而感到高兴，可是带土说在到那个世界之前要帮助卡卡西，因为他对卡卡西跟稻草人一样站在那里看不过去（日文中卡卡西“和”稻草人“同音）。带土用神威进入了卡卡西的内心世界，跟卡卡西进行了一番对白之后将双眼赠与了卡卡西，卡卡西利用双眼开启了完全体须佐能乎救了小樱一命，并打算和带土等所有人一起见证这一切。 最终在卡卡西的指导下，第七班合力封印了大筒木辉夜以及黑绝。 忍界大战结束后，卡卡西成为了六代目火影，并因为佐助解除无限月读的功绩以及鸣人的恳求，而对佐助以前犯下的罪过不予追究。
若干年后，鸣人继承了卡卡西的火影之位，成为七代目火影。而退休后的卡卡西打算和阿凯一起，去以前战斗过的地方走走，回顾一下那过去的青春。猿飞未来（猿飞阿斯玛的遗腹女）作为二人的随从。
