车站最早的需求来自米德兰铁路公司。在1860年代之前，该公司的主要服务集中于米德兰兹和伦敦北部的线路，但是并没有一条通往首都中心区的路线。1840年开始，米德兰进出伦敦的火车都在尤斯顿车站停靠，并经由伦敦和西北铁路和一个在拉格比的道口行驶。很快，在拉格比的堵塞和列车晚点由于服务的扩大而变成了家常便饭。在铁路投机的疯狂时代后期，一条新的伦敦铁路线于1845年被提上日程。1846年，大北线的规划被议会通过，而一条自莱切斯特至希钦斯的米德兰铁路支线在1847年获准。大北线铁路正在建造的时候，米德兰支线却在1850年因财政问题被放弃。来自莱切斯特郡、北安普顿郡和贝德福德郡的商业压力（尤其是来自掌握线路周边12%土地的威廉·惠特布雷德）使得支线重新提上日程。线路在1853年在一次提交给议会，并获得通过。建造工作很快开始，但是修建的速度并不快——线路直到1857年中才开启使用。米德兰铁路公司的运力大幅增长，在随后7年间，它获得了最高20000英镑的运营额。现在，米德兰铁路公司拥有
了两条进出伦敦的铁路线，分别停靠在尤斯顿车站和国王十字车站。铁路交通迅速增长，尤其是受到煤炭交易的影响——米德兰铁路公司在1852年的煤炭运输量大约在进入伦敦的所有运输公司中排名第五。在1862年中期，由于世界博览会带来的巨大交通压力，大北线铁路公司和米德兰铁路公司在运力分配上出现了矛盾。这被认为是刺激了米德兰公司，使它开始建造自己的新线路。这条线路自1862年10月开始修建，有80千米长，自贝德福德至伦敦。然而，在此之前的1861年，米德兰公司就已经开始购买圣潘可拉斯地区的大量土地。
圣潘可拉斯地区当时是著名的贫民窟，并不受人喜欢。当时这个地区的地标是舰队河、摄政运河、一个燃气厂，以及圣潘可拉斯老教堂和大面积的墓地。米德兰铁路公司为新的终点站选址在“新路”（后来的尤斯顿路）旁，在尤斯顿车站东边几百米的地方，紧邻国王十字车站的西侧。虽然教堂和燃气厂为线路的修建制造了麻烦，但是最初的计划仍是像国王十字车站一样，挖一条隧道穿过运河。这片区域当时是居住区，有萨默斯镇的地产，和琼脂镇的贫民窟。地产的拥有者把这块地用19500英镑卖掉，之后没有赔偿就把所有居民赶走，这样他可以再得200英镑。教堂被拆除，但在1868至1869年在肯迪什镇花12000英镑建造了一个新的教堂用来替代老教堂的功能。
米德兰公司决定用隧道将这个地区同新的大都会线连接起来。这条隧道在1863年开始运营，列车在尤斯顿路地下由帕丁顿开往法灵顿街。 崎岖不平的地面和地块不规则的形状给车站的设计工作带来了很大的麻烦，这激励了米德兰铁路公司的设
计人员，他们想用一座设计巧妙的车站来给伦敦留下深刻印象。他们借鉴了尤斯顿车站的华丽装饰和著名的拱顶、路易斯·库比特在国王十字车站的成功设计、帕丁顿车站创新的铁和玻璃结构，以及查令十字车站和坎农街车站的单跨式屋顶设计。米德兰公司的咨询工程师威廉·亨利·巴洛做出了车站的第一个整体的设计。巴洛说服了公司去更改最初的计划，把车站用铁质框架抬升6米，这样一来，框架可以为车站提供一个可用的地下室空间，也可以让驶入的列车通过一座桥跨越摄政运河，而非原先计划的隧道。巴洛和罗兰·梅森·奥迪什合作设计的74米宽的单跨拱顶是当时最大的拱顶，它使得车站可以最大限度地，没有障碍地利用拱顶下方地空间。车站前侧的横截位置设计了一个酒
店。整个设计在1865年初获得批准。1865年5月，米德兰公司举办了一场比赛，以获得最好的车站具体设计。11位建筑家受邀参加了比赛，并在同年8月提交了设计。1866年1月，乔治·吉尔伯特·斯科特的哥特复兴式设计被选中。这个设计颇有争议，因为斯科特的设计花费高达315000英镑，是所有设计里造价最高的。车站宏伟的正面外观符合米德兰公司建造伦敦最出众车站的想法，因此在比赛中胜出。虽然车站的成本通过几次修改一点点地降了下来，但是车站整体的宏伟设计保留了下来。
除了顶棚单独建造之外，车站的建筑预算最初是310000英镑，但在一些争执之后华宁兄弟320000英镑的
投标中标。顶棚则交给了巴特利公司，预算是117000英镑。1864年秋天，车站的建筑工作开始。建筑者在运河上搭建了一座临时的桥，而且破坏了萨默斯镇和琼脂镇。车站建筑的实际施工因技术问题拖延很久，直到1866年7月才开始，而顶棚的建筑过程中，技术问题更是司空见惯。坟地造成了最大的问题——主要的铁路线要经过一座桥跨越坟地，而一条通向大都会线的支线又要经过隧道下穿这篇地区。施工方预料到了遗骨的问题，但是一开始并没有好好处理。隧道的建设由于人体遗骨和棺材的处理而大大拖延。连接线的施工在1867年1月最终完成。
公司希望可以在1868年1月之前完成必要的建筑。琼脂镇的货站在1867年9月迎来了第一辆列车，但通过大都会线的客运直到1868年7月才开始。但是，10月1日车站启用的时候它还没有完工。顶棚的最后一根支架刚刚在9月中旬装上，整个车站内有大量的临时建筑。第一辆列车是发往曼彻斯特的快速列车，它在肯迪什镇车站（Kentish Town station）到莱切斯特的156千米的路程中一直都没有停，这在当时创下了世界纪录。
车站地下室被用来存放来自特伦特河畔伯顿的啤酒桶。
米德兰大酒店的建筑工作直到1868年中才开始。酒店由乔治·吉尔伯特·斯科特设计，直到1873年5月5日才对外开放。附属部件的工作由于米德兰公司裁减了斯科特铺张浪费的开销而变得很有争议。在1876年末，斯科特被付清工资而解雇。建筑的整体花费是438000英镑。第一眼看上去，酒店建筑是富有色彩的意大利式哥特建筑——这是响应约翰·拉斯金的“来自威尼斯的石头”——但是仔细看，它吸收了各个时期很多国家的建筑风格。从这种兼容并蓄的风格中，斯科特看到，一种新的流派将要诞生。
米德兰铁路公司进行了接下来的建筑工作。公司在通往曼彻斯特、诺丁汉、设菲尔德和卡莱尔的线路开通之后进行了一些扩建。 20世纪从整体上说，并没有很好地对待圣潘可拉斯车站。1921年的铁路国有化法案强迫米德兰铁路公司同伦敦和西北铁路（LNWR）合并成伦敦、米德兰和苏格兰铁路（LMS）。LMS使用LNWR的尤斯顿车站作
为自己在伦敦的终点站。 米德兰大酒店于1935年关闭，酒店建筑被用作办公楼。在第二次世界大战中，德国的轰炸毁坏了车站的顶棚，直到战后才恢复。在1948年，合并自各大铁路公司的英国铁路成立之后，原先LMS的运营业务没有受到影响。自伦敦始发的列车中，在伦敦附近的列车到达北沃尔维奇、圣奥尔本斯和贝德福德；长距离的列车则驶向格拉斯哥、利兹、诺丁汉、设菲尔德和曼彻斯特。
在1960年代，圣潘可拉斯站开始显得多余，有人试图关闭车站，并拆除酒店（现在被称作圣潘可拉斯庭）。这种尝试引来了以当时的桂冠诗人约翰·贝杰曼（英语：John Betjeman）为首的人们的强烈的反对，并最终没有成功。
在1986年英国铁路逐渐部门化的过程中，通向东米德兰兹的干线服务分给了城际列车部门（原米德兰公司的一部分），而通往圣阿尔本斯、卢顿和贝德福德的业务则分给了东南铁路网。在同一时期的1988年，雪丘隧道（英语：en:Snow Hill tunnel）因泰晤士联线（英语：Thameslink）的建成而重新开放，于是多数市郊铁路列车改走了这条路线。但是，圣潘可拉斯站仍旧只停靠原先米德兰主干线通往莱切斯特、诺丁汉和设菲尔德的列车，只有少部分通往贝德福德和卢顿的列车停靠。这导致车站的车流量很少，以至于车站几乎不再使用。
1996年4月28日，在英国铁路重新私有化之后，圣潘可拉斯车站的长距离列车经营权给了米德兰干线公司（英语：Midland Mainline）——一个由国家快速铁路集团（英语：National Express Group）掌握的铁路运营商。一些少量的市郊铁路列车仍旧在圣潘可拉斯车站停靠，自1997年3月2日起的运营商是泰晤士联线公司（英语：Thameslink (train operating company)）。
米德兰干线公司曾有过运营自圣潘可拉斯车站到纽卡斯尔和曼彻斯特的计划，但是很快就搁置下来。后来开行了一些往返利兹的列车。在2000年代，西海岸主干线的重组让圣潘可拉斯又有了前往曼彻斯特的列车——这一次是经过希望谷的线路。 最初海峡隧道铁路连线（CTRL）的规划是从隧道连接到伦敦的东南部，之后在国王十字车站附近设置一座地下车站作为终点站。但是这个规划后来的变动——这要归功于当时的英国副首相迈克尔·赫塞尔廷对伦敦东部再城市化的推动——将线路进入伦敦的规划改为从东边进入。这使显得多余的圣潘可拉斯车站有了成为终点站的可能——经由车站的咽喉处的北伦敦线（North London line）
但是使用北伦敦线的想法被认为不切实际，这个想法也在1994年被当时的交通运输大臣约翰·迈克格雷格以“难以建设，且破坏环境”的理由拒绝。不过，这个想法的核心——使用闲置的圣潘可拉斯车站作为终点站——保留了下来。新的计划是专门建设一段20千米长的隧道。
在英国铁路私有化期间成立的伦敦和大陆铁路（London and Continental Railways，LCR）被选中进行圣潘可拉斯车站的重启工作、铁路连线的建设工作和欧洲之星列车在英国的运营工作。LCR公司自英国铁路私有化以来一直拥有圣潘可拉斯车站的运营权以恢复车站的使用。尽管1998年的财政困难、2001年铁路线路公司（Railtrack）的倒闭使得计划有了一些改动，但是LCR仍然保留了圣潘可拉斯车站的运营权。
重建的设计和管理工作由多个公司合资的铁路连接工程公司（RLE）代表LCR进行。最早的设计是由过去不列颠铁路公司的室内建筑设计团队的带头人——尼克·德比郡完成的。而主要的详细计划则是由福斯特伙伴公司的阿拉斯泰·兰斯里完成的——他是尼克·德比郡过去的同事。
为了容纳超长的欧洲之星列车，并为国内线路和通勤列车提供站台，车站顶棚将以一个平的顶棚的形式向北延伸。在扩建的顶棚下计划建造13个月台。前往东米德兰兹的列车将在西侧的月台停靠，欧洲之星列车将在中部停靠，前往肯特的高速列车则将占用东边的几个月台。欧洲之星的月台和一个米德兰列车的月台将延伸进入原来的巴洛式顶棚。要乘坐欧洲之星列车的旅客将经过车站西侧的出发大厅，之后经过一座跨越铁轨的桥到达月台。而经欧洲之星到达的乘客将从车站北边新的大厅离开车站。
这个初始的计划后来被修改，乘客改从下方进入欧洲之星月台，这可以使车站地下室的功能最大化。阻碍视线的天桥则被取消。进入原有顶棚的米德兰站台也被取消，这样可以在站台层上开一个采光井，以使自然光可以进入地下室。 在扩建之前，车站电力市郊铁路用的接触网电线被拆除，以便于车站改造。因而，所有来自贝德福德和卢顿的列车都改走国王十字泰晤士联线车站（Kings Cross Thameslink railway station）。
在2004年，扩建顶棚的东边部分完工，于是原有的顶棚关闭改造。从2004年4月12日起，米德兰主干线的列车在扩建部分的临时车站停靠。
从这时开始，扩建部分西侧地下的泰晤士联线上方开始扩建一个“盒子”车站，以后为这条线路列车停靠提供月台。由于泰晤士联线有一部分经过扩建车站的下面，所以自肯迪什镇车站（Kentish Town station）至国王十字泰晤士联线车站的隧道自2004年11月11日至2005年5月15日封闭。为了避开这段隧道，从北边来的泰晤士联线列车停靠在和米德兰主干线相同的临时车站，而从南边来的列车则停靠在国王十字泰晤士联线车站。
在封闭改造之后，新的车站仍然只是一个混凝土空壳，不能接待旅客。泰晤士联线的列车恢复了原来的线路，经过新建的车站，但是不停靠。“盒子”车站的装修并不包含在给CTRL公司的预算中，而是另外的泰晤士联线计划（Thameslink Programme）的任务。运营商希望看到“盒子”车站和新的国际部分同时启用，于是对政府进行了游说，但是政府并没有给他们提供额外的资金。这样一来，在线路封闭结束之后，车站没能立即开始装修。最终，在2006年2月8日，时任英国交通运输大臣的阿利斯泰尔·达林公布了5千万英镑的装修预算和1000万至1500万的铁路讯号和其他建设资金。
2005年，将原来的米德兰大酒店翻新扩建成酒店和公寓的计划获得许可。
在2006年中期，车站扩建部分的西半部完成。同年7月14日，米德兰主干线列车从东边的临时车站移到了西边的正式停靠地。
根据2007年11月英国广播公司第二台的广播，车站扩建的总投资在8亿英镑左右，而原先的预计是3亿1千万英镑。 从2007年10月30日至11月上旬，欧洲之星公司进行了一次测试：共有6000人参加了涉及检票、人流量控制和列车离站的测试，这些测试者都三次乘坐列车离开车站，到车站外的隧道口，再返回。在2007年11月4日，第一辆欧洲之星测试列车从巴黎北站出发到达圣潘可拉斯车站。儿童插图画家昆廷·布雷克被委托把一个“假想的欢迎队伍”画在一幅巨大的壁画上，以遮盖车站出口对面摇摇欲坠的老建筑。
圣潘可拉斯车站重新启用后官方更名为“圣潘可拉斯国际火车站”。在2007年11月6日，伊丽莎白二世女王在菲利浦亲王的陪伴下开启了第一高速铁路。
我很高兴能正式启用第一高速铁路——英国首条高速铁路，并重新启用宏伟的圣潘可拉斯国际火车站。
在精心设计的启动仪式上，迪摩斯·韦斯特扮演亨利·巴洛致词。仪式上还有皇家爱乐乐团和歌手莱马、凯瑟琳·詹金斯的表演。在精心搭建的铁路剧场里，第一辆英铁395型电力动车组和两辆欧洲之星列车在干冰制造的烟雾里驶入车站。
向公众开放的欧洲之星列车服务从2007年11月14日开始。在一个小型的仪式上，工作人员为欧洲之星站台剪彩。
虽然通往肯特的列车直到到2009年都将是空的，但是车站的布局没有改变。在欧洲之星开通的同月，车站
的国内路线开通——仍是传统的东米德兰兹方向，但是运营商变成了同名的东米德兰兹铁路公司（East Midlands Trains）。2007年12月9日，低级别的泰晤士联线服务启用。这也意味着国王十字泰晤士联线车站的关闭。由于这些线路最后使用了圣潘可拉斯车站，线路的运营商已经于2006年4月1日易手为第一首都连线（First Capital Connect）。
