竞业限制协议和保密协议从用途上来说，都是企业为了保护自己的一些商业机密和核心竞争力而采取的方法和手段，但两者之间还是有比较大的区别，我们分别来看：
1、两者约定的内容不同
竞业限制协议约定的是员工在从公司离职后，在一定时间内不得在某一特定领域和行业内的公司任职；而保密协议约定的则是员工对于在原来工作过程当中接触到的关于公司的商业秘密的内容，不得透露给第三方。
也就是说，如果你跟公司签订的是竞业限制协议，那么离职后找工作就要注意不能够去到协议里约定的地区和行业相关公司工作，直到竞业限制协议的期限到期；
而如果你跟公司签订的是保密协议，那么去哪家公司任职没有限制，但需要严格遵守公司的保密协议的约定，不能将原来掌握的公司的商业机密带到下一家公司。
2、两者履约的前提条件不同
某种程度上说，竞业限制协议是一个公司和员工双方都有责任义务的协议，而保密协议则是一个员工出于职业道德伦理应该遵循的义务，因此它更强调员工的保密义务，而公司不需要承担额外义务。
《劳动合同法》对竞业限制协议的成立条件约定得很明确，公司与离职员工约定了竞业限制协议的，在竞业限制协议期限内，需要按月给予离职员工经济补偿，否则，离职员工就有权不遵守竞业限制协议的约定，仍然可以去协议约定不能去的公司上班。
而对于保密协议则不同，公司约定员工要保守公司的商业秘密、知识产权等，是员工的一项基本义务和职业道德准则，公司不需要额外再支付员工任何经济补偿，如果员工违约，公司有权追究其相关责任。
3、两者的适用对象、期限等也不同
竞业限制限用于公司的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员，而保密协议可以适用于公司的所有人员。
理论上来说，任何员工接触的有关公司经营相关的数据、信息等，都负有保密义务，而限制不能一离职就去竞争对手那里上班的，只限于掌握了大量公司核心机密的高管、高级技术人员及其他知悉公司重要商业秘密的核心员工。
另一方面，对于签署了竞业限制协议的离职员工来说，是有竞业限制期限的，《劳动合同法》规定的是一般不得超过2年，也就是说，离职两年之后，签订了竞业限制协议的员工可以去公司的竞争对手那里上班；但保密协议的内容一般来说是没有期限，或者期限更长的。
比如说，你了解原公司某一项发明专利，按道理来说，在这项发明专利没有到期之前，知情员工都必须严格遵守保密协议。
同时，对于签署了竞业限制协议的员工来说，也同时需要遵守保密原则的，否则，泄露了公司的商业机密，公司仍然有权追究。但只签订了保密协议的员工来说，就没有竞业限制方面的问题。
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2、保密义务一般期限较长，只要商业秘密存在，劳动者的保密义务就存在，而竞业限制期限较短，最长不超过二年。