如下：
自然哲学：米利都学派—赫拉克利特—元素论—种子说—原子论。
形而上学：毕达哥拉斯学派—爱利亚学派—理念论（苏格拉底和柏拉图）—存在论及实体学说（亚里士多德）。
但是又不仅仅是这样，即有伊奥尼亚传统又有南意大利传统还有希腊本土的综合，你中有我我中有你......好在基本上每本“西方哲学史”都会在古希腊哲学部分详细地展开这些内容。
其中，武大版的《西方哲学史》教材比较注意区分自然哲学和形而上学的区分和逻辑联系，建议配合赵林老师的《讲演录》来看。
姚介厚的《西方哲学史（学术版）》第二卷，里面介绍的更为细致，资料也更详实；此外，如果有时间的话还可以翻翻黑格尔的哲学史第一卷，亚里士多德的《形而上学》、《物理学》。
在这里我还是引述一下上书中的内容，简单说下希腊自然哲学和形而上学起源、联系与发展（主要参考的是姚兆厚先生的那本）。
希腊哲学起源于对“世界的普遍性”（本原）的探索，分别形成了伊奥尼亚哲学传统和南意大利哲学传统。
前者包括米利都学派和赫拉克利特哲学，其特点是凭借观察经验，直观地认识到自然的无限性统一于某种形态的物质。南意大利传统则注重形而上的思辨，其中毕达哥拉斯学派最早试图从数和空间形式等抽象形式中说明世界的本性，爱利亚学派则用思念论证的方式确立自然的原理。
后期的自然哲学（元素论、种子说和原子论）综合与深化了两张哲学传统，主张间断、可动的物质基本粒子是宇宙的本源，并系统的提出了宇宙生成与演化的学说。
公元前4世纪末，希腊哲学进入雅典，在经历了智者派否定一切客观原则之后，苏格拉底提出了寻找具体的存在物背后“普遍定义”的哲学形而上学；其弟子柏拉图在此基础上把万物普遍本原的观点发展成为一套精致的理念论体系，拓展了研究全体存在的知识。
亚里士多德几乎综合了之前自然哲学和形而上学的所有内容，建立了以实体学说为中心存在论哲学范畴体系，以及研究事物变化的“四因说”、“潜能与实现”等理论，形成了系统、深刻的自然哲学。
而后还有希腊化时期的三大学派，这个时候希腊哲学关注的重点已经从自然存在转向了人的存在，在自然哲学和形而上学上几乎没有什么建树，所以一般不会论及。
自然哲学的概念，我们可以从各个不同的角度去考察它。
人类区别于动物的最本质特征之一，就是人类善于思考。人类对于世界的思考所产生的思想和观点，都可将其称为哲学。
世界包括自然世界、人类社会和人的本身。那么，相应地，哲学思考和哲学思想也包括自然哲学、社会哲学以及人生哲学。
所以，所谓自然哲学，就是指人类思考我们所面对的自然界而形成的哲学思想。它包括自然界和人的关系、人造自然和原生自然的关系、自然界的最基本规律等。
很显然，广义的自然哲学，包含了自然科学。也就是说，自然科学是自然哲学的重要组成部分。
在古代，哲学与科学的分界并不是很明显。这时候，不仅自然科学包含在自然哲学里面，而且通常自然科学与自然哲学并无区分。譬如牛顿最著名的著作就叫做《自然哲学的数学原理》。
现在，人们通常将哲学与科学区分了开来，看做是两门不同的学问。这是科学门类日益繁多、研究分工日益细化的必然结果。
在这种情况下，自然哲学通常是指关于自然及人与自然之间关系的最一般规律的思想。最著名的要数恩格斯的著作《自然辩证法》了。自然辩证法就是自然哲学。具体的自然规律及其量化关系，通常将之称为自然科学。
但是请注意，正如前面说的，自然哲学与自然科学本无根本区别。所谓的一般规律与具体规律，也没有绝对的划分标准。
宇宙大爆炸理论，你说它是自然哲学的思想还是自然科学的思想？我们只能说，关于宇宙大爆炸的观点，可以说是一种自然哲学，但如果我们具体设计了大爆炸的模型，并且计算出了有关的数量关系，这大概应当是自然科学了。