《四库全书》分经、史、子、集四部分、，又称“四库”。部下有类，类下有属。全书共4部44类66属。经部收录儒家“十三经”及相关著作；史部收录史书；子部收录诸子百家著作和类书；集部收录诗文词总集和专集等。《四库全书》的分类法是中国古代最具代表性的图书分类法之一。
经部：《易经》、《尚书》、《诗经》、《周礼》、《仪礼》、《礼记》、《大学》、《中庸》、《孟子》、《论语》、《孝经》、《尔雅》、《春秋左传》、《春秋公羊传》、《春秋谷梁传》。
史部：《国语》、《史记》、《汉书》、《晋书》、《宋书》、《梁书》、《陈书》、《魏书》、《周书》、《隋书》、《南史》、《北史》、《宋史》、《辽史》、《金史》、《元史》、《明史》、《史通》、《战国策》、《后汉书》、《三国志》、《南齐书》、《北齐书》、《旧唐书》、《新唐书》、《列女传》、《越绝书》、《水经注》、《岛夷志略》、《旧五代史》、《新五代史》、《吴越春秋》、《风俗通义》、《华阳国志》、《建康实录》、《贞观政要》、《资治通鉴》、《天工开物》、《东周列国志》。
子部：儒家：《荀子》、《说苑》、《帝范》、《政训》、《潜书》、《新序》、《盐铁论》、《潜夫论》、《近思录》、《郁离子》、《传习录》、《呻吟语》、《孔子家语》、《温公家范》、《袁氏世范》。兵家：《孙子兵法》、《吴子》、《司马法》、《尉缭子》、《孙膑兵法》、《六韬》、《三略》、《握奇经》、《素书》、《将苑》、《李卫公问对》、《虎钤经》、《守城录》、《练兵实纪》、《纪效新书》、《何博士备论》。法家：《管子》、《商君书》、《韩非子》、农家：《齐民要术》、《农桑辑要》。医家：《黄帝内经》、《神农本草经》、《黄帝八十一难经》、《洗冤集录》。数理天文类：《周髀算经》。
集部：《楚辞》、《诗品》、《曲品》、《南戏》、《花间集》、《柳永词》、《晏殊词》、《东坡词》、《秦观词》、《放翁词》、《姜夔词》。