有四方面的不同。
一、职位的不同。
会计机构负责人：指在一个单位内具体负责会计工作的中层领导人员，组织、领导会计机构或会计人员依法进行会计核算，实行会计监督的负责人。
总会计师：在单位主要领导人领导下，主管经济核算和财务会计工作的负责人。
二、职责不同。
会计机构负责人：是公司财务总负责人，对各项财务会计工作要定期研究、布置、检查、总结。
总会计师：是组织领导本单位的财务管理，成本管理，预算管理。
三、设置范围不同。
会计机构负责人：只要设置会计机构，就应当配备会计机构负责。
总会计师：国有的和国有资产占控股地位或者主导地位的一些大、中型国有企业才有实行总会计师制度。
四、任职条件不同。
会计机构负责人：除取得会计从业人员资格证书外，还应当具备会计师以上专业技术职务资格或者从事会计工作三年以上，在政治素质、工作经历、政策业务水平、组织能力、身体情况也有严格要求。
总会计师：取得会计师专业技术资格或持有总会计师（CFO）资格证书，主管一个单位或者单位内部一个重要方面的财务会计工作的时间不少于3年。
参考资料来源：百度百科--总会计师
参考资料来源：百度百科--会计机构负责人
1、职位区别
会计机构负责人往往是公司负责财务工作的领导，可以是副总，总会计师是要受会计机构负责人领导的。
2、职责不同
会计机构负责人是公司财务的总负责人，负责整个公司财务工作，总会计师是财务部门会计人员中权威性的财务人员，负责单个财务部门的具体工作。
3、薪资不同
由于所属领导层及工作内容的不同，会计机构负责人与总会计师的薪资待遇会有所不同，会计机构负责人的待遇会比总会计师的工作高出很多。
4、设置范围不同
总会计师作为一个职位只有在大型国企里面才会设置这样的职位，直接对单位主要行政领导人负责，总会计师并不是会计机构负责人员或者主管级别的人员。
5、任职条件不同
会计机构负责人相比总会计师在政治素质、政策业务水平、工作经历、组织能力、身体条件等方面高很多，担任单位会计机构负责人（会计主管人员）的，除取得会计从业人员资格证书外，还应当具备会计师以上专业技术职务资格或者从事会计工作三年以上经历。
参考资料：会计机构负责人-百度百科
参考资料：总会计师-百度百科
本回答被网友采纳会计机构负责人与总会计师主要有有3种差别
1.工作内容有区别：
会计机构负责人是公司内部财务部负责人，对相部门工作负责；总会计师是财务部门会计人员中权威性的财务人员，负责财务部门财务会计的具体业务工作。
2.地位有区别：
总会计师受财务机构负责人领导，会计机构负责人受主管会计工作的负责人领导。但有的部门把总会计师的地位放地机构负责人之上。
3.使用范围有区别：
大型的国企里才会设置总会计师。会计师协助单位主要行政领导人员工作，直接对单位主要行政领导人负责。所以总会计师不是一种专业技术职务，也不是会计机构的负责人或会计主管人员，而是一种行政职务。
本回答被网友采纳2、而总会计师是企业的行政领导，相当于企业的副总经理，领导会计机构负责人和企业的会计核算、监督工作。本回答被提问者采纳
总会计师。只有国有大中型企业才可以有，是行政职务。