杭州城，王小虎14岁，一天出去和小孩玩时被师傅叫回（盛尊武），看见一个少年长鬼不起。其师叫小虎去拿城内黄大娘帮着改的衣服，去了后得知其到城外坟地安葬其亲戚。出城，到坟地见到黄大娘，还有其侄女沈七七，得知其悲惨身世（她被仙霞派清柔师太收养）。
拿到衣服后回去，见其师死活不答应那少年（喻南松）为其一家血海深仇主持公道，小虎自告奋勇带他去找蜀山仙剑派掌门——李逍遥。
出城发现沈七七被怪物抓走，决定去救。发现啸狼准备侮辱七七，被魔族掌旗使孔璘训斥其没有办正事（到某个陵墓去找某个宝物）。这时两人赶到，孔璘走开，啸狼将小虎打倒。这时盛尊武赶到，救下小虎，打倒啸狼。正准备将其杀死之际，大慈悲明宗千叶禅师来到，要下啸狼，准备以佛法感化。喻南松求禅师收其为徒，并想禅师为其一家报仇。禅师并不同意，但得知是因为他家（他父亲是神州大侠）有魔族至宝回魂珠才遭此大难，而回魂珠却在喻南松身上，便收其为徒，答应为其主持公道。喻南松还想让禅师收小虎为徒，小虎不愿。这时，盛尊武身上被啸狼暗毒所伤发作，禅师赐药叫七七为两人服药。
回城后，小虎因为照顾师傅劳累过度昏倒，得七七照顾。后得知其师因为怕自己魔刀绝学的邪恶力量侵蚀小虎才不传他的，后因为观察小虎一身正气，决定病好之后传其魔刀绝学。
这时，仙霞派大师姐和三师姐来接七七，七七很舍不得小虎，临走前小虎送给七七他娘留下的一对双鱼玉佩中的一个。
然后，一段精彩的CG动画：这一日，李逍遥站在绝顶，怀念过去时光，忽然，一人首蛇身的女子出现在他的面前，李逍遥情不自禁的准备去接触她。但那女子飞走了，怎想李逍遥剑术独步天下，立刻以飞仙剑术御剑赶上。但那女子露出慌张之情。突然，一幅卷轴飞来，将李逍遥收入其中，卷轴主人可能就是孔璘收得李逍遥后，孔璘仰天大笑，那女子痛苦的趴在他的身边。
游戏这才开始。
杭州，小虎18岁。这日，小虎捉拿一贼，发现他跑到工地，便追了上去。在工地上有些地方过不去，需要拿木板，木板就是竖在一旁颜色与地面不同的木板。最后将盗王查协抓住，得到大家赞赏。这时，走来一女子，对其好奇一看，发现小虎手臂上的某个标记正是她想找的人标记。
办完事出了府衙，在回师傅家的路上，那女子将小虎叫住，问了他手臂上虎纹的情况，想再问别的时，老实的小虎已经回去了。见到师傅，不想被师傅训斥一顿，说其脑子不灵活，不会活用招式，然后又赞赏他的表现，最后让他休息。但在就要出门时，盛尊武要他把在他书房里桌上的包袱拿来，让他回余杭将包袱交给皇莆英，并回家看一下小虎的爹，路上不得打开包袱。
出城后，那女子找到小虎，称自己是“天师道”的俗家弟子，这次来杭州找一个还在沉睡的恶魔，想要小虎帮忙，小虎一口答应。两人来到半山腰的一个巨石旁（在左上角），那女子取小虎那条虎纹手臂手掌的血，并说是教主这么说的，然后小虎怕那女子有危险，便自己走在前面。
里面一片庄严之像，小虎心中产生了一点怀疑，那女子（姓苏名媚）说这是个陵墓，那恶魔就在这里面。要找到四块石板，把它镶在大厅的石墙上。小虎又开始怀疑，那苏媚说那恶魔就在石墙之后，两人便开始把其余的三块找到并镶上（在那第二块石板的路上有一箱子需钥匙打开，在拿第三块石板的路上的一个钟鼓巨人哪儿拿，只要将其所奏之音再奏一遍就行）。打开石壁，出来一浑身冒火的老虎（虎煞），小虎决定保护苏媚，而苏媚却跑入石壁后拿一样东西，小虎一分心，虎煞已经扑了上来。这边，苏媚拿了“魔锥”来到一破庙门口，被孔璘挡住，要其交出魔锥并答应为她报仇，苏媚不信，便用魔锥击退孔璘，自己却因魔锥的反噬力量昏了过去。再看这边，小虎醒来，发现虎煞已经溶入其身体。不急多想，便去找苏媚。走过山路，爬过蔓藤，发现自己已经来到十里坡，已离自己家不远。走到吊桥上怀念自己小时候和李逍遥一起的日子。在山神庙发现昏倒的苏媚。
将苏媚带回到余杭盛鱼村的家中，小虎爹担心苏媚是未来媳妇，听说不是后放下心来，教导小虎不要交错人，然后小虎去找皇莆英，他爹照顾苏媚。路上，得知客栈已经让给丁家姐妹，自己带着李忆如到仙灵岛.....到了江宁府，来到悦来客栈，见了林天南得知李逍遥还是没有来，于是先休息下来，准备带着忆如逛逛江宁府。但由于闹鼠患，忆如不能吃上八宝饭，但忆如非要前去看个究竟，小虎没有办法，只好带着忆如一同前去。来到粮仓，原来是因为粮仓的猫将沈家公子咬了，他一气之下将所有的猫全赶跑了，所以现在没有猫来抓老鼠。忆如自告奋勇的要去抓老鼠。来到粮仓内，因为二楼的地板容易塌很危险，所以小虎决定自己上去拿钥匙。拿到钥匙，便和忆如来到楼下，找到鼠王，将其打败。通过忆如从小的特殊能力和它沟通，解决了鼠患，它其实是一个已经死去鼠精，然后现在开始跟着忆如混了。出去后从粮仓老板哪儿得到玉镯。然后回到悦来客栈休息。第二日，已经是午时，忆如来叫小虎起床，告诉他逍遥还是没有来，林天南自己去了玄武湖的比武会场，于是两人自己去比武会场。在城中，发现沈家公子（沈齐）调戏一女子，忆如上前通骂，沈齐恼羞成怒，准备向忆如动手，小虎和忆如自然好好教训了他一顿，他走的时候还不忘张狂，但大家都没有放在心上。
来到比武会场，沈家堡堡主沈清锋不愿再等李逍遥，提议让千叶禅师作公证，马上开始。两家虽表面上是世交，但沈家却一直看不起林家，想借此机会让林家出丑，提议让小一辈上场。沈青锋派上的是他的女儿——仙霞派的沈欺霜，居然就是原来的七七，小虎为之一愕，一边的忆如还不忘调侃小虎。林家派上在林家工夫数一数二的唐志达，两人交手数合，那欺霜固然使出蜀山仙剑派的御剑术，将唐志达击败，众人皆大惊。但她却说这是仙霞派的功夫。林天南大度的承认输了，众武林中人前来贺喜，欺霜也乘此机会帮她娘索要名份，被沈青锋喝退。小虎上前与欺霜相认，而那沈齐也借此机会要他爹替他报仇，被沈青锋通骂了一顿，而且也没有允许欺霜的请求。
众人赴宴，独留下欺霜。两人叙旧，忆如调侃，不久，仙霞派弟子来到带走了欺霜。小虎和忆如则回悦来客栈，得知林天南因输了心理不太痛快，独自回苏州林家堡，让小虎陪忆如玩两天再把她带回仙灵岛。忆如要求小虎带她去蜀山找她爹，小虎不同意，忆如生气跑了。一个时辰后，掌柜来找小虎，说找忆如吃晚膳时，没有找到，而半个时辰前忆如找掌柜问去蜀山的路，掌柜不知道，便又问在哪儿有一种只有在蜀山附近才有的“黑白色的熊”，掌柜告诉了她江宁府西面的月凉山。
小虎心知不对，便马上赶到月凉山，一路寻到竹林，居然发现了苏媚和忆如在一起，而且还唤出了许多鬼影。小虎没有上前相认，而是一路跟踪到紫露竹林。穿过紫露竹林，来到一个遍地大熊猫的地方，看到了苏媚找到了忆如，得知她来此找扬枭精并答应忆如带她去蜀山找她爹。来到巨竹下，众人打倒扬枭精，苏媚上前索要紫竹之心，得知已经被人抢走，而它也不是妖怪是替女娲看守竹林的守护兽，结果呢，忆如又收了个小弟。而且通过对话，知道原来苏媚是在找回魂珠，而小虎却没有说回魂珠在谁的身上。然后苏媚决定带忆如去找她爹，小虎也无奈的一起跟去。
三人来到碧湖村，竟意外发现了外出除魔的喻南松和他的师兄万悲大师，并得知千叶大师要召开“除魔大会”。三人住进村里的客栈。晚上，喻南松找小虎叙旧，这时忆如跑来，找不到苏媚，小虎说在后院，忆如跑去，而这时喻南松也和师兄一起去除妖。
众人在后院遇见了妖怪，竟将万悲大师带走，众人便追入井中。井下居然别有洞天，有个江离都宫。追上那怪，那怪居然说那万悲大师是她爹，而且身前是江都王，在四年前被一个有道行的和尚抓走，而她妈则受不了刺激失心疯而死。然后万悲和那怪进入宫殿，喻南松追了进去，而三人后来也跟了进去。当他们追到宫底，发现喻南松已被关到后宫，而万悲也恢复了记忆，要一家三口搬走，而小虎不允，众人又打了起来。将其打败，在其女儿的央求下，小虎答应放他们离开，自己进后宫找喻南松。这时江都王的女儿（蕴儿）前来说有人前来害她父母求小虎前去搭救。原来是仙霞派三个弟子来此（欺霜也在），发现妖气冲天，便不论原由大开杀戒，杀了江都王的妻子，而江都王为了换其女一命也兵解了。众人一起坐船前去荆州参加“除魔大会”。
来到云梦泽，船身突然晃动起来，原来是孔璘到了，而且他就是杀害喻家满门的人，他这次来是找苏媚的，众人上来阻拦，被他使了个大法力将船弄沉。小虎和欺霜飘到一个奇怪的岛上，在岛上发现一个会说人话的老乌龟，原来他们所在便使这这个乌龟的背上，此龟自亘古时期就，名曰蓬莱。而且得知其他人也都到了他的背上。那老龟答应让他们相聚，但要求使小虎替他拔掉尾巴。拔掉那根刺（剑）后，龟背一阵晃动，欺霜因背后的伤昏了过去。大家都找到了，但就是没有找到苏媚，忆如哭着非要找到她，小虎前往寻找忆如。找到忆如后，忆如因为没有能找到苏媚而哭泣，希望神灵能保佑苏媚。而老龟则将众人托到了荆州。
上岸后，喻南松带着仙霞派弟子去客栈，而忆如和小虎就直接去会场。来到会场，还是没有看见李逍遥，但众人已推选千叶禅师为除魔的盟主，然后禅师力数魔族之罪并劝不要多造杀虐，众人和之。然后，千叶用回魂珠准备祭旗，在期间介绍了回魂珠的作用。但是，半天没有人将回魂珠送上来，千叶派人下去看看。一段时间后，弟子突然来报，一女子将回魂珠盗走。众人大惊，便四处搜查。
从忆如哪儿得知那人跑往城北密林，于是追去，觉得那人身影像是苏媚。确实是她，而且她也是盗珠之人。她将自己所得的宝器交给她的叔叔，但没有想到她叔叔居然出卖了她。就在她叔叔准备迫不得已要杀了苏媚时，小虎和忆如赶到救下苏媚，而就在准备杀了她叔叔时被苏媚制止，在苏媚的请求下小虎放了她叔叔，而她也承认了自己以前对小虎的欺骗行为。说是为了报仇（是在她小的时候，父亲是蛇妖，母亲是狐精，一天一男一女闯了进来硬说她的父母是妖怪而杀了他们，她虽然不知道他们是谁，但却记得他们的样子，于是要偷魔器练成独一无二的魔功复仇）。三人决定去蜀山找李逍遥帮忙。当走出密林时，众武林正道人士将苏媚打倒，并认出她就是盗珠之人，欲将她拿住。但小虎为了保护苏媚，竟然单挑众武林正道人士，伤痕累累。就在众人决定乘小虎无力之际将苏媚拿住时，千叶禅师赶到，保下小虎一干人等。而小虎则愿承担追回魔器之责。
这一日，三人来到蜀中栈道，得知栈道吊桥被一巨大蜈蚣挡住去路，而要绕行的话则要多花两三个月的时间，小虎他们毅然前去吊桥。来到吊桥，原来有个大蜈蚣在睡觉，小虎他们准备绕行，但忆如为了表现自己前去打醒了那蜈蚣，结果那蜈蚣恼怒了，小虎上来救忆如。最后才发现这原来是圣姑的毒物，为了医治月如而来到此处，让那蜈蚣（蜈王）看住吊桥，不让外人骚扰。从圣姑哪儿得知李逍遥人并未在蜀山，连每次月园之时为月如送延命丹都未能来。为了能找到李逍遥，圣姑决定让忆如使用“回魂仙梦”，但在这之前要到玲珑福地去找剑圣和酒剑仙放在哪儿的天蛇杖。
三人去到哪个地方，忆如独自进去取杖，而小虎和苏媚在外互吐心声，就在苏媚索要小虎身上的另一块玉佩时，小虎不经意间流露出别的感情。突然，忆如在洞里传出叫喊声，两人前去查看，忆如说洞里都是火猴的尸体，三人急忙进去。击败了杀掉火猴的妖怪，将火猴王的魂魄收下，并取得天蛇杖。
回到圣姑家，决定第二天使用“回魂仙梦”，在这之前，忆如带苏媚去见不醒的月如，苏媚一时震惊，原来月如和逍遥就是当年杀她父母的人。当晚，苏媚准备杀死月如时，想到了忆如，狠不下心去动手。翌日，苏媚走了，没有办法，“回魂仙梦”还是得使用，忆如见到了当日的情景。众人决定先偷得孔璘的那副画轴，这要先找天鬼皇，要先到酆都城在找进入鬼界的路。
三人决定入谷去找孔璘。来到谷底，仙霞五弟子围住孔璘摆开剑阵，不想因为忆如落下，欺霜为救她而令剑阵大乱，使孔璘有可乘之机，一举破了剑阵。这时，小虎赶来救援，但孔璘了得到最后一个魔器不想过多纠缠，自己遁走放了个魔物来攻击小虎等。虽然击败魔物，仙霞五弟子只留下了欺霜。安葬完众人尸体后，众人前往酆都城。
来到酆都城，在一个路口站着不动的小女孩哪儿得知她知道如何去鬼界，但要取三样花，问了之后却不知这三样花为何物。（到湖边一胖大嫂哪儿得到菱花就是飘零花，在药铺中找到石莲就是花非花，在茶店哪儿找到黄蝉就是无心花），然后从那小女孩哪儿得到阴间灯笼，去城西北角挂上灯笼，进入鬼都。来到在酆都城阎罗庙的位置，又见到那小女孩，原来她是天鬼皇的女儿，但进去前要打赢她和她哥哥。打赢后进入见到天鬼皇，天鬼皇将他们带到龙门邪域孔璘处，但天鬼皇居然被身边之人所伤，他为了让三人逃走，独自一人留下对付孔璘。逃出邪域，看见那偷袭天鬼皇的人正等着拿画轴。击败他后，天鬼皇被其儿女救出回鬼都养伤不提，小虎等人则决定去千叶禅师处商量如何将李逍遥解救出来。在半路上碰见喻南松，便由他带领大家到开封千叶禅师处。
来到开封，一明宗弟子见到喻南松，告之千叶有事不在开封，而寺有些事等喻南松处理，小虎等人就在城内逛逛。游逛一番后，去找喻南松，说其师已回，可以见他们了。禅师决定用传音法螺送他们去画轴。小虎醒来时，发现身处盛尊武家，但一切都变得那么美好了。小虎识破画妖的诡计将其击败。解除了自己的幻境，再来到欺霜的幻境并将她解救出来。两人来到仙灵岛，看见李逍遥和忆如，两人不由分说便从上前去攻击李逍遥，以为他是画妖，但没有想到他是真的。一番解释后，众人回到现实中，但忆如出来得比较慢。
经过一番商议，李逍遥众人来到五华山，准备破坏孔璘妄想放出魔尊的阴谋。碰见了孔璘，但发现他的手上也有个忆如，众人向身边的看去，原来是画妖所变。孔璘见威胁逍遥不成，便带忆如闯阵，剑阵动了。李逍遥逼不得以入阵破阵。这边，小虎为了帮逍遥也和众魔动上了手，苏媚也出现援手。一场恶战，孔璘终于倒下。而魔尊也被李逍遥牵动天罡剑阵而神形俱灭。
李逍遥耗尽内力坐在地上，苏媚准备报仇，但众人拦着，苏媚未能得手，气愤而走。从千叶大师哪儿知道，用回魂珠可以救回月如，小虎和欺霜便追上苏媚。一番争执，苏媚扔下了三件魔器，又走了。两人将三件魔器带了回来。千叶留下回魂珠后回去，欺霜也回峨眉山，逍遥，忆如，小虎三人便先去忆如处。
过了数天，众人来到圣姑家，圣姑发现珠上有毒，众人纷纷猜测，被逍遥喝止。喻南松来到圣姑家，告之魔器有假，众人怀疑苏媚。半夜，小虎在湖边见到苏媚，质问她为何如此，苏媚没有承认。
半个月后，忽闻又有魔物作祟，大家因为千叶禅师闭关便让小虎上峨眉山请清柔师太出来主持大局，忆如也跟着。
数日后，两人来到峨眉山，刚到时，一个声音传来，一人从空中落下，小虎接住，原来是欺霜，原因是峨眉山遭劫，是师太将用掌风将她送下，小虎便与其一起上山帮忙。救得师太后，忆如问师太仙霞派剑法为何与仙剑派剑法相若，师太告之她俗名姜婉儿（就是李逍遥进锁妖塔时所见那仙剑派弟子与妖怪所生的女儿。）然后，说有一妖魔将会在开封醒觉，让欺霜去“冰火莲池” 重铸冰青剑，小虎也去了，忆如则留下让其开发她的灵力。
来到池内，找到莲花，小虎刚想摘下莲花，突然不见，两人也被漩涡卷入水里。两人落入水下宫殿，小虎误食青色的花冻晕了过去。为了救小虎，欺霜将赤火焰华吞入，以自己的体温将小虎救醒。然后重铸冰青剑，学得武功秘籍。再见师太后，忆如灵力也大大提升。三人便马上动身前往开封。
一路上妖怪猖狂，三人加速前往开封。来到开封郊外，忆如拿出隐蛊，让三人潜入城中。来到摩诃寺院。发现苏媚和千叶，喻南松在一起，似乎收了伤，三人便隐在一旁看个究竟。从他们的对话中明白，原来下毒的是千叶，而且喻南松也有份，千叶是想统一人魔两界。小虎上去痛斥，喻南松便上来动手，打败他后，千叶将众人封到了禁咒空间里，喻南松伤重而死，死前总算是明白了。而苏媚为了将大家救出去，将众人迷倒，自己破了青龙，白虎，朱雀，玄武四阵将大家救出，自己却下落不明（喻南松说要破阵的人必须要死）。
迷药失效后，众人出来寻找苏媚，发现寺外乌云密布，大家觉得不妙便马上寻找千叶，在寺庙里，发现了啸狼，二话不说就打。打倒之后，再往里走，发现千叶将魔器的力量全纳为己有，威力无披，众人不敌。就在千叶准备杀小虎时，传来一女声：“女娲娘娘啊，请救救这些无助的人吧。”无数祥光照在众人身上，小虎等的伤全好了，而千叶却现出了魔身。一番打斗，正义战胜了邪恶，天下太平。
三件魔器中的两个交给了清柔师太保管，回魂珠则被忆如带走救活了月如，一家回仙灵岛团圆。而小虎和欺霜坚信苏媚未死，从此携手浪迹江湖寻找苏媚，而在他们俩离开峨眉山的时候，一只狐狸在他们身后默默的看着……
参考资料：仙剑十年回顾