温州市第三人民医院拥有一系列全面的科室设置，旨在为市民提供全方位的医疗保健服务。医院内设有妇产科，专注于妇女和儿童的健康问题，包括产科和妇科的各类检查与治疗。
消化内科专注于消化系统的疾病诊疗，包括胃、肠道疾病的诊断和治疗。血液暨肿瘤内科则专门处理血液疾病以及各种恶性肿瘤的诊治，为患者提供综合性的治疗方案。心血管内科则关注心脏和血管健康，对心脏病和血管疾病有深入研究和治疗经验。
普通外科是医院的核心科室之一，处理各种外科手术需求，如创伤、手术切除等。神经内科则关注神经系统疾病，如头痛、脑血管病等，骨科则专门处理骨骼和关节问题，脑外科则负责神经外科手术的实施。
心理科在医院中也占有重要位置，关注心理健康和精神疾病，提供专业的心理咨询和治疗。心胸外科关注心脏和胸腔手术，肾内科则负责肾脏疾病的管理，泌尿科则处理与尿路相关的疾病。肿瘤外科和肛肠外科针对恶性肿瘤和消化系统疾病的外科手术治疗有丰富的经验。
口腔科和眼科为患者提供口腔和眼部疾病的治疗，耳鼻咽喉科则关注耳鼻喉部的健康问题。儿科专注于儿童健康，中医科则结合传统中医理论提供独特的诊疗服务。ICU和麻醉科是医院的生命支持和麻醉中心，确保重大手术和危重病人的生命安全。
此外，还有检验科、药剂科、病理科、影像科和理疗科，分别负责医学检验、药物配制、病理分析、医学影像检查和物理治疗等关键环节。这些科室的设立，为温州市第三人民医院患者提供了高质量、多元化的医疗服务。
温州市第三人民医院位于温州市中心商业区，东与著名的商业街五马街相连，西接信河街，与松台公园遥相对应，背靠温州市广场路，南邻人民路，交通便利。温州市第三人民医院于1913年9月建成开诊，医院核定床位800张，实际开放床位750张，共21个病区，32个专业学科，10个医技科室。