肤色变化
在 “Black or White” 这首歌的歌词中，迈克尔·杰克逊写道：“我不想，只是作为一个有色人度过我的一生。” 他也因此饱受争议。
杰克逊在80年代模仿卓别林拍摄的一张旧照可以证明，当时他的脸上已经出现明显的白癜风症状 。在1986年迈克尔就被诊断为白癜风。但在媒体的炒作下，人们给出了几乎一致的猜测：迈克尔进行了皮肤漂白术或植皮 。杰克逊本人在1993年公开做过解释，他表示患上了皮肤失调症，皮肤色素受损，这是家族里的一种遗传病。由于黑色素大量流失，为防止皮肤晒伤，杰克逊每次出门总是将自己包的严严实实 。
1999年，迈克尔因为劳累过度脱水入住过纽约的里诺斯山医院进行治疗。当时负责治疗迈克尔的LenHorovitz医生说，迈克尔患有白癜风，很多年来的病情导致了他皮肤变白。LenHorovitz医生承认在纽约迈克尔入院以前为他治疗过几次，但他没有做任何事情使迈克尔的皮肤变白 。
2013年5月6日，杰克逊的验尸官克里斯托弗·罗杰斯在法庭作证，罗杰斯在验尸报告中指出，杰克逊文过唇线和眉毛，前额文过发线，显然是想让假发看起来更自然。尸检证实了杰克逊对那些质疑他肤色在20世纪80年代变浅的人说的话。罗杰斯说，杰克逊患有白癜风，这是一种皮肤病，因此肤色有浅有深 。
娈童诉讼
1993年9月，一名12岁的男童公开控告杰克逊对其实施性侵犯，对此杰克逊始终否认，双方在第二年1月达成了庭外和解，但此时外界的舆论已经让杰克逊的形象严重受损，事业也陷入低谷 。
2003年，又有一位男童状告杰克逊对他实行“猥亵”。2004年4月22日，杰克逊被控以阴谋罪、猥亵儿童罪等10项重要罪名。经过长达一年多的调查取证，2005年6月，针对迈克尔·杰克逊的全部指控都被裁定为“无罪” 。随后杰克逊搬离了美国，并且从那以后就再也没有进入过梦幻庄园生活 。杰克逊表示，为了避免让自己再被公众仇视，他今后将不会再和孩子们有亲密举动 。
2009年6月26日，恋童案真相大白，当年事件的主人公Jordy Chandler 在博客中发表声明，他在得知迈克尔·杰克逊的死讯后再也无法继续谎言，向迈克尔·杰克逊道歉。他承认指控纯属捏造，他是为了父亲才撒谎的，而他的父亲则是为了摆脱贫困的生活而制造了这个骗局。
