1.两个概念。代扣代缴是发放工资的单位的义务。12万是个人的申报义务，两者是分开的，并不冲突和矛盾。
2.实际上，这并不影响日常每月按工资薪金所得计算缴纳个人所得税，年度的申报只是对全年12个月工资薪金所得和缴纳个人所得税数据的一种汇总申报。若日常按月都足额缴纳了个人所得税，年度汇总申报时基本上不存在补税情况。
3.年入12万自行申报让我们有一种重复交税的感受。但现实，年入12万自行申报这个规定，本来即是向税务机关做一个“汇总”，让税务机关知道你现已准时按月交纳了个税。当然，年入12万自己申报也具备查遗补漏的效果，假定你少缴了，那你就要补缴；假如你多缴了，那你也能够退税、抵税。这样，不仅减少了交税人逃税的危险，也避免了交税人多缴税的丢失。
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个人所得税法是调整征税机关与自然人（居民、非居民人）之间在个人所得税的征纳与管理过程中所发生的社会关系的法律规范的总称。个人所得税法，就是有关个人的所得税的法律规定。在我国，个人年度收入超过一定的限额时，必须进行个税申报。
年所得12万元以上，是指一个纳税年度内11项所得合计达到12万元。这11项包括：“工资、薪金所得”、“个体工商户的生产、经营所得”、“对企事业单位的承包经营、承租经营所得”、“劳务报酬所得”、“稿酬所得”、“特许权使用费所得”、“利息、股息、红利所得”、“财产租赁所得”、“财产转让所得”、“偶然所得”以及“经国务院财政部门确定征税的其他所得”。
如果个人在一个纳税年度内取得所得超过12万元，无论其平常取得各项所得时是否已足额缴纳了个人所得税，或者是否已向税务机关进行了自行纳税申报，年度终了后，均应当按《办法》的有关规定向主管税务机关办理纳税申报。
另：年所得12万元以上，不包括在中国境内无住所，且在一个纳税年度中在中国境内居住不满1年的个人。
（参考资料 百度百科 个税申报）
因为年终奖也是属于劳动者的合法收入，属于个人所得税的征收范围，而这部分的钱还没有纳税，所以就必须申报。
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《个人所得税法修正案草案》规定，居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用6万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。这条规定，也就是媒体所说的，个税起征点为每月5000元。
自1980年将个税起征点确定为800元/月后，我国先后3次根据经济社会发展情况调整个税起征点，分别是2006年提高到1600元/月，2008年提高到2000元/月，2011年提高到目前的3500元/月。
7年间，平均工资在不断上涨，现有的个税起征点已经不适应当前的状况，需要上调，才能减少中低收入者的压力，增加这部分人到手的实际收入。
为什么个税起征点要提高到5000元？依据何在？财政部部长刘昆就草案作说明时认为，这一标准综合考虑了人民群众消费支出水平增长等各方面因素，并体现了一定的前瞻性。
按此标准并结合税率结构调整测算，取得工资、薪金等综合所得的纳税人，总体上税负都有不同程度下降，特别是中等以下收入群体税负下降明显，有利于增加居民收入、增强消费能力。
全国人大常委会法工委相关负责人解释：看个税，不能单纯考虑一方面因素，而要综合考虑各方面要求。起征点除了考虑居民基本生活消费支出的变化情况外，还要考虑个人所得税作为一个直接税发挥调整收入分配的功能。
“虽然有人觉得5000元的标准离预想的有一定差距，但是如果大家仔细算一下，这次改革是综合改革，除了提高5000元基本减除标准之外，同时增加了一些专项附加扣除，扩大了低档税率的级距。可能你以前适用的是10%的税率，个税法修改以后就适用3%的税率，这是一个综合减税的过程。”
中国人民大学财政金融学院教授朱青指出，这次个税改革的主导思想之一，就是要给中低收入者减税，但与以往几次改革不同的是，这次减税并不是单纯地提高费用扣除标准，而是采取了三项措施：一是将费用扣除标准从每月3500元提高到5000元，提高了近43%。
二是加进了专项附加扣除，包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息和住房租金、赡养老人等支出，从而使费用扣除标准从过去的“一刀切”变成个性化的费用扣除，让税前扣除标准更加贴近纳税人的实际情况。
三是调整了累进税率表，拓宽了3%、10%和20%三档低税率适用的所得级距，如以前3%的税率只适用每月0—1500元的应税所得，修改后适用于0—3000元的应税所得。“应当说，这次‘三管齐下’的减税措施也是个税法修改的亮点之一。”
参考资料:人民网▬个税改革迈出关键一步
法律依据《中华人民共和国税法》个人所得税税率表一
（工资、薪金所得适用）
级数 全月应纳税所得额 税率（％）
1 不超过500元的 5
2 超过500元至2000元的部分 10
3 超过2000元至5000元的部分 15
4 超过5000元至20000元的部分 20
5 超过20000元至40000元的部分 25
6 超过40000元至60000元的部分 30
7 超过60000元至80000元的部分 35
8 超过80000元至100000元的部分 40
9 超过100000元的部分 45
（注：本表所称全月应纳税所得额是指依照本法第六条的规定，以每月收入额减除费用一千六百元后的余额或者减除附加减除费用后的余额。）