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怎么用数据库对某基因的mrna序列和其基因组比对,以便找到它的5’外显子
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推荐答案 2019-05-08
问题不是很明确,是想进行序列比对与结构比对吗?序列比对用ncbi网站中的blast就可以分别进行核酸与蛋白的比对,蛋白结构比对,如果没有晶体结构,就需要先同源建模,再进行结构拟合就可以了!希望能帮到你,有问题欢迎追问!
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当前网址:
http://77.wendadaohang.com/zd/pvW8I3pq.html
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第1个回答 2009-01-03
有专门的两两比对的网站,
http://bioinfo.genotoul.fr/multalin/multalin.html
,
输入形式如下:
>1
序列一
>2
序列二
然后开始比对就可以了本回答被提问者采纳
相似回答
在NCBI上
怎么找到
一个
基因的外显子
和内含子?
答:
为了找到外显子和内含子的具体序列,可以进入Splign的在线界面。
你可以通过选择mRNA或基因组的Accession,或者直接输入Fasta格式的序列进行对比
。记得,基因组序列可能较长,建议从预设的下拉框选项中选择常用的生物序列。一旦进行比对,Splign会立即给出结果,包括10个外显子的详细位置,以及它们在mRNA序列中的...
在NCBI上
怎么找到
一个
基因的外显子
和内含子?
答:
4.接下来我们进入Splign的online界面,你可以通过
mRNA和
基因组的Accession或是它们Fasta格式的序列进行对比,要注意基因组的序列不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择,一般常用的生物都在。5.结果一目了然,10个
外显子,
而且还显示mRNA以及对应的
基因组比对的
序列,并且还可以知道某个外显子在
mRNA序列
上...
已知
基因序列,mrna序列,怎样用
blast分析内含
子和外显子
答:
使用blastn里面的 “Align two or more sequences”,出现两个输入序列的窗口,分别输入
基因组序列和mRNA序列,mRNA序列
最好只选取CDS输入进去.出现比对结果后,CDS序列会和基因组相应的部分区域完好的匹配,出现几段区域就应该有几个外显子.但是这样的比对不能很好的区分内含
子和外显子
的边界,内含子和外显...
用什么软件分析内含
子和外显子
答:
先上ncbi找到基因的 基因组序列(nc序列),然后找mRNA序列(nm序列),再用BLAST比对下就行了
,能互补的就是外显子,中间的就是内含子。
如何
在NCBI上查找某一
基因序列
及其启动子
答:
Acembly程序试图
找到mRNA与基因组序列的
最好的比对排列以及判断选择性剪接模型。假如有多于1个的基因模型具有统计学意义,则它们都全部显示出来。有关Acembly的更多信息可以在NCBI的网站找到(http://www.ncbi.nih.gov/IEB/Research/Acembly/)。Ensembl Gene Predictions路径由Ensembl提供。Ensembl基因通过...
一图了解
mRNA
、
外显子
、内含子、启动子、UTR、CDS等区别
与
联系
答:
1.ORF ORF 的英文展开是 open reading frame(开放阅读框)。ORF 是理论上的氨基酸编码区,一般是在分析
基因序列
得到的。 把
基因的mRNA序列
输入到程序中,程序会自动在序列中寻找启动子(ATG 或 AUG),然后按每 3 个碱基一
组,
一直延伸寻找下去,直到碰到终止子(TAA 或 TAG)。此时程序就把这个...
...有期末考试题,熟悉PDB
数据库
、蛋白质
序列
、
mRNA
答:
1. 从PDB
数据库
中找一个3D结构已知的蛋白,查询取得其蛋白质序列、mRNA序列(仅包含ORF/CDS)和
基因组
序列(10分);2. 用Homologene或BlastP从蛋白质数据库中找15种以上与其高度同源的蛋白质序列,将序列下载并保存为一个FASTA格式的文件(10分);3. 找到每个蛋白相应
的mRNA序列,
截取从起始...
大家正在搜
mRNA序列和基因组序列相同吗
mrna序列是不是cdna序列
根据mrna的碱基序列
mrna序列与氨基酸序列
dna决定mrna的序列
mrna和dna的组成区别
ncbi查找mrna序列
sd序列是指原核细胞mrna的5
mrna序列是什么
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