卫生间位置的选择：在设计农村自建房的卫生间时，应考虑将其布置在靠近卧室区域，同时方便连接厨房和化粪池。如果条件允许，上下层的卫生间应尽量对齐，这样可以节省管道并便于上下水处理。卫生间作为辅助空间，可以设置在采光和通风较差的区域，比如北侧或西侧。然而，上层卫生间应避免正对厨房和餐厅，以防防水层出现问题导致漏水，同时也能减少噪音和水管冷凝水的问题。卫生间应尽可能地设置窗户，以确保直接对外的采光。此外，卫生间的风水布局也是需要考虑的因素，因为很多人对此非常重视，虽然各地的具体做法有所不同，但在布置卫生间时还是需要综合考虑这些因素。
卫生间尺寸的要求：农村自建房的卫生间开间尺寸应不小于1.8米或2米。卫生间门的大小应大于0.8米。
一层卫生间的设计：一层卫生间通常会首先考虑主人的使用需求，然后才是客人。在位置上，应优先考虑靠近卧室的布局，以便于使用。至少应设置一个卫生间，条件允许的情况下可以设置两个，以便主人和客人使用。如果卫生间靠近左侧的两个卧室和客厅，那么使用起来会比较方便，但右侧的卧室距离卫生间较远，需要穿过客厅，使用上会不太方便。一层卫生间的设计还应考虑到老年人的使用需求。在很多农村家庭中，年迈的父母通常与子女同住，因此他们需要有自己的房间，而老人的房间一般会布置在一楼。如果一楼设有主卧，那么也可以考虑在主卧中设计一个独立卫生间，以保护主人使用卫生间的私密性，并方便家庭使用。如果一层卫生间设置在楼梯下空间，那么需要确保楼梯下空间的净高至少为2米。此外，一层卫生间的门不宜正对大门、厨房、餐厅、客厅以及卧室门，卫生间内的布局也不宜让便器正对床头。
二层卫生间的设计：通常情况下，二楼会放置主卧、孩子的房间以及客房，因此在设计上层卫生间时，应考虑到靠近卧室区以方便使用。设计时仍以主人家成员的需求为主，客人的需求为辅。如果由于经济或面积限制只能设置一个卫生间，那么应尽可能将其靠近卧室区。如果条件允许设置两个卫生间，那么可以考虑为主卧设置一个，另一个作为公共卫生间。主卧内的独立卫生间可以配置坐便器、蹲便器和淋浴间等，公共卫生间则可以配置蹲便器和淋浴设备。
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