1、根据微生物需要的主要营养元素即能源和碳源的不同而划分的微生物类型也微生物营养类型。
它分为:光能自养型、光能异养型、化能自养型和化能异养型四种。
2、根据微生物生长所需要的碳源物质的性质，可将微生物分成自养型与异养型两大类。
3、根据微生物生长所需能量来源的不同进行分类，可分成化能营养型与光能营养型。
微生物自养：自己养活自己。
自养生物靠无机营养生活和繁殖。他们由呼吸等的化学暗反应，或由光化学反应所获得的能量用于碳素同化。自养性微生物其具有代表性的例子是红色无硫细菌、红色硫细菌、绿色硫细菌、硝化细菌、硫细菌、氢细菌、铁细菌、一氧化碳细菌等。在自养性微生物中，一如氢细菌那样，随着可利用的电子供体的代换（例如由氢生成醋酸），有时可以看到以碳酸同化代换有机营养物（醋酸等）的还原同化。关于碳素固定循环与能量获得系统的共同机理，以及自养生物对有机物的适应机能的调节机制，正在与光合生物进行比较，以便在生物化学上进行阐明。
异养：将外界环境中现成的有机物(有机物是由自养生物生产的)作为能量和碳的来源
如：营腐生活和寄生生活的真菌，大多数种类的细菌以及更加高级的动植物等。