[编辑] 兄弟决战篇
在另一边，木叶村收到情报，得知大蛇丸被佐助所杀，便开始进行寻找佐助的任务，而「蛇」的成员香燐发现木叶的人在追踪佐助，「蛇」便到「晓」的根据地，而佐助更遇到鼬，鼬便指示佐助往宇智波一族的故地，来个了断。途中佐助先到故地南贺的神社大堂，并在那里的秘密集会场所，发现鼬所指的宇智波瞳术『万花筒写轮眼』的存在目的--为了能够控制九尾的力量。亦得悉万花筒写轮眼的使用，最终是会招来失明的命运。
两兄弟甫决战，初时佐助似乎占了上风，从鼬背後向其插了一刀;但是这却又是鼬的分身，佐助立刻向身後的另一个鼬使用千鸟流攻击。後从绝口中才得知，双方似乎是在战斗，但其实只不过是幻术上的攻防战，实体一直未有动身。他从鼬口中得知宇智波一族创始人--宇智波斑仍存在的事实，就是斑跟鼬一起灭了全族。亦得知宇智波斑也同样拥有万花筒写轮眼，是第一个以眼睛控制九尾及揭露此眼另一秘密的人。鼬续向佐助说万花筒写轮眼的另一秘密，就是本已是万花筒写轮眼拥有者的人，能从其他族人中夺取同样的眼後而创造有独特力量的『新双瞳』，而且永不会堕入黑暗的失明世界中。因此鼬一直以来要佐助练成万花筒写轮眼，正是要这个弟弟作为他的『备用品』，以脱离万花筒写轮眼拥有者失明的命运。
佐助知道一切真相後，亦有所行动。虽然佐助巧妙利用飞镖攻击及以蛇身作掩护，但因与鼬间有一段实力差距，受鼬所制肘，并被鼬夺去了左眼。当然，实际上这些都只是鼬以『月读』所制造出来的幻象，鼬本以为这样便可能使佐助的实体陷入麻痹当中。但想不到的是佐助却有能力破解他的『月读』，反使鼬左眼受伤。佐助指出瞳术毕竟也只是工具，写轮眼也有可以超越万花筒写轮眼的力量。鼬的幻术失效，又有左眼受伤，故佐助乘胜使出擅长的『影风车之术』，使鼬身体受创。後再以『火遁·豪火球之术』攻击鼬，鼬亦以『火遁·豪火球之术』还击，但被佐助压制下来。
此际鼬突然使出高级瞳术『天照』，黑色的火焰把佐助的火焰吞噬下来，并一度欲把佐助也吞噬掉。佐助於是便巧妙地使出大蛇丸流的变身术，使真身穿入地底当中以避开『天照』的吞噬;他又清楚鼬使出『天照』之时是没法进行变身，也深知鼬的体力已到极限，故在地底中进入咒印状态2，并使出『火遁·豪龙火之术』之术突击在地上、已受伤的鼬。鼬虽仍能避开，但右手却被烧伤，而之前的战斗亦使鼬满身伤痕，查克拉已用尽。佐助同样也在使出火遁之时已把查克拉耗尽，但为了杀鼬他已早有准备，将要使出最终的极秘忍术对鼬必杀……
391回中，原来佐助是透过火遁术射向天空以制造出雷电，并将巨大的雷电之力集中於手中并引向攻击鼬。这个被佐助名为『雷遁·麒麟之术』，一举将鼬所身处的岩石击得粉碎，佐助亦满心以为鼬的死期已到……但意想不到的是鼬却也使出终极防御，防御了佐助的轰击;鼬亦使出了他的终极之术『须佐能乎』，原作防卫的骷髅慢慢化成巨人。就在此际，本来被佐助夺去力量、而隐藏在其体内的大蛇丸，竟趁佐助力量虚耗之际占用其身体，使出『八歧之术』变化出八歧大蛇。但一如日本神话情况，八歧大蛇先後被『须佐能乎』斩下头颅;而本来潜藏在八歧大蛇内的大蛇丸，被『须佐能乎』的十拳剑(别名酒刈大刀，草薙剑的其中一把，能将所有刺中的东西封印在醉梦的游离世界内)刺中，连同八歧大蛇一起被吸进『须佐能乎』所持的酒瓶内。佐助同样地也克制了大蛇丸的控制而平伏过来。但佐助此时已用尽写轮眼的力量，其写轮眼亦消失。
面对鼬强大的『须佐能乎』之术，佐助又没有写轮眼的力量，唯有不断以引爆符进行攻击;但这却一一被『须佐』所持的『八咫镜』抵御过来，鼬更步步迫近。意想不到的是，鼬似乎因使用『须佐能乎』之术而使身体全面崩溃，口吐大量鲜血，在佐助的额头前轻轻按了一下，在佐助耳边说了句密语(其实是说『对不起，佐助，已经没有下次了』)，然後突然倒下。鼬躺在佐助旁边的地上，而佐助却一直呆站著。天降大雨，而天照之火仍不熄灭的燃烧…当佐助看见旁边的鼬再也不动後，笑了一笑也接著倒下……
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