补发以往月份的工资，可以按照年综合所得来计算个人所得税，即把补发的工资算入年工资总和，减去起征线、专项附加扣除在乘以税率来计算应交税费额。
根据《中华人民共和国个人所得税法》第六条 应纳税所得额的计算：
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
（四）财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
（六）利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。
劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额。稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。
个人将其所得对教育、扶贫、济困等公益慈善事业进行捐赠，捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额百分之三十的部分，可以从其应纳税所得额中扣除；国务院规定对公益慈善事业捐赠实行全额税前扣除的，从其规定。
本条第一款第一项规定的专项扣除，包括居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等；专项附加扣除，包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出，具体范围、标准和实施步骤由国务院确定，并报全国人民代表大会常务委员会备案。
扩展资料：
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第十三条 个人所得税法第六条第一款第一项所称依法确定的其他扣除，包括个人缴付符合国家规定的企业年金、职业年金，个人购买符合国家规定的商业健康保险、税收递延型商业养老保险的支出，以及国务院规定可以扣除的其他项目。
专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除，以居民个人一个纳税年度的应纳税所得额为限额；一个纳税年度扣除不完的，不结转以后年度扣除。
第十四条 个人所得税法第六条第一款第二项、第四项、第六项所称每次，分别按照下列方法确定：
（一）劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，属于一次性收入的，以取得该项收入为一次；属于同一项目连续性收入的，以一个月内取得的收入为一次。
（二）财产租赁所得，以一个月内取得的收入为一次。
（三）利息、股息、红利所得，以支付利息、股息、红利时取得的收入为一次。
（四）偶然所得，以每次取得该项收入为一次。
参考资料来源：百度百科——中华人民共和国个人所得税法
补发以往月份的工资，计算个人所得税时，应当把补发的工资还原到所属月份，与原所属月份工资相加，计算个人所得税。纳税额应当减去原所属月份已经纳税金额。计算公式如下：
所属月份补发工资应纳税额={[（所属月份补发工资+原所属月份的工资薪金所得）-费用减除额]×适用税率-速算扣除数}-原所属月份已缴纳的个人所得税。
福建省地方税务局
《关于补发工资个人所得税政策问题的公告》
2015年第7号
为进一步规范补发工资计征个人所得税的征收管理，根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例和有关规定，现就有关问题明确如下，请遵照执行。
纳税人因政策性调资、职务晋升、工作调动、新员工定级、单位筹建期或资金困难等原因而补发以前月份工资，能按税法及财务制度规定处理相关帐务的，应把补发工资还原到所属月份重新计算当月应纳个人所得税税款，减去相应月份已缴纳税款，计算出补发工资各月应调整的税款，汇总合并到补发工资月份一并申报缴纳个人所得税。