法律分析：农村自建房申请程序如下：（1）村民向村委提出申请；（2）乡（镇）国土所（非耕地）或县国土局（耕地）派员实地调查察看；（3）村民到乡（镇）国土所领取《村民建房用地申请表》，填表后经本组村民户主签字盖章（含邻里），对四邻无影响的，村、组签具意见后呈交（镇）国土所；（4）乡（镇）国土所审查，测量绘制用地平面图，乡（镇）人民政府审核；（5）县国土局，建房用地缴纳规费；（6）县人民政府批准；（7）委托乡（镇）国土所发放建设用地许可证，派员实地放线；（8）乡（镇）国土所对村民竣工后的建房用地进行验收。
法律依据：根据《农村宅基地管理办法》第十九条规定：农村村民建造住宅，应严格按照批准的宅基地面积、规划层数、高度及质量标准进行施工。各乡(镇)人民政府、村应加强农户建房过程中的监督管理，县土地行政主管部门对农户建房要做到审查、放样、验收三到场。