植物疾病主要有细菌性疾病、病毒性疾病和虫害，山楂也不例外。
山楂的病害主要有：白绢病、白粉病、花腐病、锈病等。这类细菌性疾病主要用杀菌剂。
山楂的虫害主要有：食心虫、山楂粉蝶、山楂红蜘蛛等。这类疾病主要用杀虫剂。
山楂花腐病。主要使叶片、新梢、幼果等部位发生糜烂。发病的叶片，从最初的褐色点状或短线条状病斑，逐步扩大成红褐色或棕褐色，最后病叶枯落。防治：对于成年树，在发芽前喷5波美度
石硫合剂。在花期和6月各喷一次50％可湿性
多菌灵100倍稀释液。
山楂锈病：主要危害叶片和叶柄，严重时可以危及嫩梢和果实。病斑从橘黄色斑点或红色小粒开始，最后引起叶面的正面凹陷背面隆起，有灰褐色的毛状物。防治：预防或在发病初期使用粉锈宁，多菌灵也可以。
白绢病：属于寄生性疾病。病菌寄生于山楂的根茎部位，在高温、高湿条件下，先是褐色病斑附近生长出白色菌丝体，接着皮层腐烂，使植株死亡。防治：加强肥水管理，调温调湿，合理的施肥可以提高植株抗病能力，如增施一定比例的磷、钾肥。发病时，使用
甲基托布津800～1000倍液或石硫合剂进行治疗。
白粉病：顾名思义，在叶片和植株幼嫩的部分覆盖一层白粉状物质，呈绒毯状，造成叶片卷缩，严重时造成植株枯死。这是苗期易发生的疾病，发病的山楂苗生长瘦弱，苗高缩短。防治：发芽前喷0.5波美度的石硫合剂，每隔半月喷一次。落花后至幼果期喷1-2次70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液。
食心虫：在越冬幼虫出土之前实行诱杀，每亩用75％的硫磷乳剂0.3～0.5千克拌成毒土，撒入树下土壤中。6月中旬，
树冠喷100-150倍对硫磷乳油， 7月---8月中旬，喷1500倍对硫磷乳油，以消灭食心虫幼虫。
山楂红蜘蛛：早春消灭越冬成虫，如刮老皮、翘皮。防治：菊酯类农药2000倍液、20%三氯杀螨乳油800倍液、73%克螨特乳油2000倍液都有较好的作用。
山楂粉蝶：采用修剪的方法将越冬、越夏的幼虫巢剪下，集中焚烧。治疗：幼虫危害时，喷洒50％
敌敌畏乳剂1000倍液。预防，50％
辛硫磷剂1000倍液。