是的，银行限额会影响自动扣款。银行限额是指银行为了控制风险和保护客户利益而设置的交易限制。
这些限额可以包括每日交易限额、每笔交易限额、账户余额限额等。如果自动扣款的金额超过了银行设置的限额，那么扣款就会失败或被拒绝。
对于自动扣款，银行通常会根据客户的账户类型和交易历史来设置相应的限额。如果客户的账户余额不足或者超过了银行设置的限额，自动扣款就会失败。这种情况下，客户需要及时联系银行，了解限额的具体情况和解决方法。
举个例子，假设一个人的信用卡每月自动还款金额为5000元，而他的银行设置的单笔交易限额为3000元，那么自动扣款就会失败。这个人需要联系银行，提高单笔交易限额或者更改自动还款方式，以确保还款成功。
因此，客户在使用自动扣款服务时，需要了解银行的限额政策，确保自动扣款的金额在限额范围内。同时，如果客户需要进行大额交易或者超过限额的交易，可以提前联系银行，申请临时提高限额或者进行其他必要的操作。