在增值税发票综合服务平台进行勾选认证的方式如下：
首先，纳税人需要使用可以连接互联网的电脑，通过USB接口插入金税盘、税控盘或税务UKey，登录增值税发票综合服务平台，选择相应的发票管理模块，按照系统提示进行勾选和确认操作。具体来说，纳税人需要输入正确的税控设备密码，进入系统后选择相应的操作员，然后进入发票勾选页面。在发票勾选页面中，纳税人可以选择需要勾选的发票，进行勾选操作。确认勾选无误后，点击“确认”按钮提交即可。
其次，纳税人在勾选发票时需要注意以下几点。确认勾选的发票符合规定，不是作废发票或红字发票。勾选的发票必须与企业的实际业务相符合，不能勾选与实际业务不符的发票。勾选时需要认真核对发票信息，确保勾选正确，避免因为疏忽导致勾选错误，给企业带来不必要的麻烦和损失。
最后，如果在勾选认证过程中遇到问题，纳税人可以通过平台的帮助文档或联系客服人员寻求帮助。同时，为了避免在认证过程中出现问题，纳税人需要提前了解认证流程和要求，确保满足相关条件和要求。
总之，增值税发票综合服务平台的勾选认证操作并不复杂，纳税人只需要按照系统提示进行相应操作即可。但是在操作过程中需要注意以上提到的几点问题，确保勾选认证的准确性和合法性。