南宋咸淳九年（1273）。南宋战略重镇襄阳守将吕文焕降元。他坚守了五年，没有援兵，没有补给。他失去了最后的希望，投降元朝。吕文焕被蒙古任命为襄汉大都督，作为先锋进攻南宋。
临安陷落。（1726）年，元朝丞相伯颜率二十万蒙古大军入汉水过长江直指南宋都城临安。这时南宋的权臣贾似道（奸臣）迫于朝野上下的压力，领兵十三万出征。元军一路势如破竹，各地守城的将军都投降元军。贾似道领宋军和元军在安徽芜湖遭遇。本来宋军占优势，可贾似道却做好逃跑的准备。宋军将领都无心战斗，这一战南宋水陆主力损失严重。
贾似道兵败，其它城市的主将都弃城逃跑。贾似道被贬官放逐。随后被仇人杀死在厕所内。元朝大军进攻到独松关。独松关，两边都是高山，只有中间一条路，山上就是守城的关所。边上有一颗十几丈高的松树，老远就能看见。独松关是临安的门户，地理位置特别重要。守关的是宋将张濡。他是南宋名将张俊的四世孙。元军一到就猛烈进攻，张濡兵少，赶紧向朝廷要援军。朝廷派文天祥带兵增援独松关。独松关被元军包围近一月。宋将张濡贪生怕死竟然率军逃跑了。
后来也被元军俘虏杀了。张濡一逃，元军大力进攻，独松关被元军占领，守将冯骥被杀。这时，文天祥的援军还在半路上。独松关失守后，临安守卫空虚，谢太后下诏各地起兵勤王。各地大多都在观望。只有张世杰，文天祥响应。可宰相陈宜中（奸臣）不信任张世杰，因为张曾是张柔的部下，而元军的主将却是张柔的儿子张弘范。陈宜中就调换了张世杰的部队。文天祥自己招了两万人，陈宜中认为这些人都是乌合之众。竟然不让文天祥进临安。这时，临安城里官员大多都逃跑了，宋恭帝便主动向元朝宰相伯颜献出玉玺和降表，出城投降了。元军进入临安城后，将宋恭帝和南宋的大臣押到北京。忽必烈为了笼络人心，没有加害宋室皇家成员。
1278年，元军从水路追击宋端宗。宰相陈宜中请求去占城（泰国）联系小朝廷避难的事情。结果乘机逃走，再也没有回来。宋端宗十一岁的孩子，一路担惊受怕，惊恐得病死了。宋端宗一死，群龙无首，眼看要散伙。陆秀夫鼓励大家立七岁的赵昺为帝。这时候，陆地上以没有安全的地方。张世杰带领小朝廷到新会县八十里的海中，有一座崖山。大家暂时在崖山安居。这时还有官，民，兵二十多万，大部分都住在船上。忽必烈派张弘范率水军和骑兵全力进剿。
文天祥听说赵昺即位，便要面见小皇帝，没有被允许。张弘范派军追击文天祥，由于兵少，文天祥和部将在吃饭的时候，被元军抓住。后文天祥宁死不降，三年后在北京被杀。元军在张弘范的带领下入海追击南宋小朝廷。这时元军只有几万人，而且不习水战，南宋小朝廷二十几万，应该有赢的把握。由于张世杰指挥失误，放弃对入海口的控制权。造成宋军没有淡水吃，他又把战船连在一起，丧失机动性。再者，元军的军队不停的增援，人数越来越多。
崖山大战二十多天，双方投入兵力五十余万。动用战船二千余艘。最终以宋军全军覆没而收场。大臣陆秀夫逼迫自己妻儿跳海自杀。随后抱着九岁的宋帝赵昺投入大海。宋室的许多大臣宫人也跟着投海自尽。场面十分惨烈。
张世杰带领少数人突围后，得知宋帝死了，也万念俱灰，在海中随船沉海自杀。崖山大战几天后，漂浮在海面上的尸体有十几万人。南宋自宋高宗赵构开始，一共传了九位皇帝，统治一百五十三年。至此灭亡。