一、区别
1、外显子是编码区内的有效编码序列，内含子是编码区中的非编码序列。
2、外显子就是在成熟mRNA中保留下的部分，也就是说成熟mRNA对应于基因中的部分，而内含子是指在mRNA加工过程中被剪切掉的部分，在成熟mRNA中不存在的部分。
3、外显子和内含子是存在于真核细胞中，外显子就是要表达的序列，内含子是不被表达的序列，是间隔排列的。
二、基因在结构上，分为编码区和非编码区两部分（其中非编码区对基因的表达主要起调控作用，如启动子等位于该区）。非编码区（Non-coding region），不能够转录为相应信使RNA，不能指导蛋白质合成（也就是不能编码蛋白质）的区段叫做非编码区。
扩展资料：
1、内含子（intron）是真核生物细胞DNA中的间插序列。这些序列被转录在前体RNA中，经过剪接被去除，最终不存在于成熟RNA分子中。内含子和外显子的交替排列构成了割裂基因。
在前体RNA中的内含子常被称作“间插序列”。在转录后的加工中，它比外显子有更多的突变。内含子是一段特殊的DNA序列。
2、外显子(expressed region)是真核生物基因的一部分，它在剪接(Splicing)后仍会被保存下来，并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列，又称表达序列。
既存在于最初的转录产物中，也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列。术语外显子也指编码相应RNA外显子的DNA中的区域。所有的外显子一同组成了遗传信息，该信息会体现在蛋白质上。
参考资料：
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