上海海员医院拥有一支实力强大的管理团队，其中外科主任施维锦教授是全国知名的胆道外科专家，他擅长实施包括微创手术（如内窥镜手术）在内的各类胆手术，凭借高超的医术赢得了广大病患的信赖。
医院与上海市瑞金医院合作，于2001年建立了“伤骨科协作中心”，引入了国内知名的“魏氏伤科”疗法，以及中西医结合手术疗法，如人工关节置换术、舱式全身中药气浴疗法等，为伤骨科患者提供了多元化的治疗选择。例如，椎间盘突出症药物注射疗法等，为病患提供了有效的治疗路径。
今年初，医院引入了眼科专家李增琦教授，他曾任新华医院眼科主任医师，擅长进行白内障超声乳化联合手术，如婴幼儿人工晶体手术和二期人工晶体植入术。李教授的医术精湛，至今已成功为上万例眼疾患者进行了手术，帮助他们重见光明。
在肛肠科领域，医院聘请了原曙光医院的肛肠科专家蔡益芳副主任医师，她专长于中西医结合疗法治疗痔科复杂疾病，如多发性复杂性肛瘘、环状混合痔、肛管狭窄和慢性结肠炎等。蔡主任以其高超的医术在本地享有极高的声誉，治愈的病患众多。
此外，海员医院在刘世勋教授的指导下，口腔科开展的口腔颌面部各类手术及面部整容术在专家的精心操作下，取得了显著的疗效，为患者提供全面的口腔健康服务。
位于北外滩东长治路505号的上海海员医院，是上海市首批医保定点医疗单位。 该院创建于1955年，隶属于上海海运（集团）公司，是南通医学院、安徽医科大学的教学医院，上海市中医药大学针灸实习基地，日本外航船员医疗事业团在中国的特约医院，并承担移民加拿大、澳大利亚、新西兰等国家的体验和上海市涉外婚检，是一所集医疗、教学、科研、预防、防疫、保健为一体的综合性职工医院。