巴拉那河水系是巴西、阿根廷和巴拉圭三国的重要水上通道,它承担着巴拉圭出口运输量的90%,阿根廷的30%。全河全年通航里程约2698公里。从门德斯港至瓜伊拉瀑布河段不能通航,但可通过巴西铁路运输。在定期疏竣河道的前提下,全年海轮可从拉普拉塔河河口上行约402公里,吃水深5.8米的船舶可上行至圣菲和巴拉那港。巴拉那港至科连特斯之间的,可通过吃水深不超过3.05米的船舶,而上游科连特斯至门德斯港之间仅能通过吃水深约1.2米的船只,而且还有险滩碍航。待中游的帕蒂和恰佩顿两工程建成后,将大大改善该河段的通航条件,远洋海轮可从拉普拉塔河口上行1200公里至查科省的巴兰奎尔斯港。
巴拉那河上游,包括干流和格兰德河及巴拉那伊巴河都有许多瀑布,航运条件极差,只有瓜伊拉至米皮亚电站河段可通航,但仅限于吃水浅的小船。待巴拉那河上游各级通航船闸全部建成后,通航里程上至伊利亚索耳泰拉水库,下至巴拉那河中游航道。其中伊泰普4级船闸可克服水头120米,年通过能力3600万吨;在瓜伊拉瀑布也准备兴建通航设施,以克服伊泰普水库低水位时的水头余差,其通过能力和伊泰普船闸相同。另外,铁特河上已建和拟建的7座水利工程都布置有通航船闸,它们全部建成后(最下游巴拉博尼塔工程船闸已于1982年投运),将形成通航梯级,船舶可从铁特河进入朱皮亚水库。届时,将形成铁特河-巴拉那河内河水道。