进化论解释不了眼睛的来源。一直以来，达尔文进化论者为了维护进化论，而避开眼睛来源的问题。据欧洲分子生物实验室(European Molecular Biology Laboratory)2004年的研究报导，达尔文自己承认，认为人眼是进化或自然选择的是荒谬的看法。
据胚胎学资料，人眼睛和大脑的发育是同步的，在胚胎发育第4周，神经管前段的主要部份在形成脑的同时，前段的侧面出现两个视泡，迅速发育为眼睛。而其他器官的生成和发育也非常迅速，到了大约第8周的时间，脑、眼、耳、鼻、口、四肢等基本形成。这时从外表看，胚胎长成一个身长大约50毫米的人，其他的内脏如心、肝等的生成和发育也初具规模。
进化论（英文：theory of evolution），并非什么演化都是进化，进化论，是以史为鉴，要找出生命生存规律和发展方向的系统性的科学理论，是对物种起源和发展的一种科学证明。