1、定义不同
过去完成进行时（The Past Perfect Progressive）相对过去的某个时刻来说已经对现在有直接影响并且还在进行的动作。
过去完成时（The Past Perfect Tense）表示过去某一时间或动作以前已经发生或完成对过去的某一点造成的某种影响或是结果。它表示动作发生的时间是“过去的过去”，侧重事情的结果。
2、结构不同
过去完成进行时：sb had+been doing sth
过去完成时：had+ 过去时（past participle）
3、用法不同
过去完成进行时可以单独使用。
例句：He had been waiting for two weeks．
他等了两周。
过去完成时是不能单独用的。在使用的时候，必须有另一个事件。
例句：He had studied Chinese before he came to Taiwan.
他到台湾以前，曾学过中文。
1、形式不同
过去完成式：had + past participle
过去完成式是不能单独用的。我们用的时候，必须有另一个事件。也就是说，假如我们有两件事 A 和 B，两件事都发生在过去，但 A 发生在 B 以前，A 应该用过去完成式，B 则用过去式。
He had studied Chinese before he came to Taiwan. 他到台湾以前，曾学过中文。
过去完成进行时形式：had been doing
I had been studying．我在学习。
2、强调不同
要强调较早发生事件的连续性，我们可以用过去完成进行式。占去完成进行式和现在进行式惟一不同的地方是 verb to have 的地方一定要用had 。
I had been watching TV before you called me.你打电话给我的时候我在看电视。
过去完成进行时与过去完成时的用法很相近，它通常表示一个持续到过去某时的动作：
He was still waiting．（有一个表示一段时间的状语）他一直在等。
3、用法不同
过去完成时在told, said, knew, heard, thought等动词后的宾语从句
She said (that) she had never been to Paris.他说从来没有去过巴黎。
过去完成进行时这个时态很少用在否定句中，而多以过去完成时代替：
He had not practised English for many years．他很少练习英语。
过去进行时是表示过去的某个具体时间发生的动作,比如
I was wathcing TV at three yesterday afternoon.昨天下午三点我在看电视.
过去完成时表示发生动作发生在 “过去的过去”,比如
He had lived in Shanghai for 3 years before he came to Beijing 在来北京之前,他在上海住了三年.
来北京 已经是发生在过去的动作 在上海居住发生在来北京之前,所以是发生在过去的过去,句子使用过去完成式 由 had+动词的过去分词 构成。
he had finished his homework
he had been working with Sam for 3 hours
这都是不完整的句子，设计一个过去时间点，比如说昨晚8点，但是第一个表示的是结果性的，就是他做完了没有，他可能在8点之前就做完了，可能还干了点别的．但是第2个句子就是他一直在做，到8点的时候，他已经做了3个小时了，并且他可能仍然在做.