区别：
1、保税区：功能比较单一。
从1990年起，我国先后共设立了15个保税区，并赋予其最优惠的政策和最大的开放度，即“境内关外”。长期以来，保税区成为
中国经济融入世界、参与国际竞争的重要结点和
桥头堡。
但随着
世界经济的发展尤其是经济全球化进程的加快，保税区这种形式已经满足不了中国更好地参与
全球经济的需要。例如，越来越多的跨国公司在中国投资，其产品在研制、生产、销售等环节需要高度的国际化，迫切需要一个具备国际配送、国际采购、国际中转等功能，且货物能自由、高效流通的区域。而保税区功能较为单一。
与此同时，中国对外开放水平的全面提高，使保税区原来的政策和功能优势逐步弱化。徐复说，加入
世界贸易组织后，中国内地工业品的平均关税大幅降低，2001年为14.7％，2005年降至约9.5％，并取消所有的非关税措施，使保税区的关税效应不断减弱。
从保税区十多年的运作来看，15个保税区中规模参差不齐，功能也不尽相同，总体看都偏重于贸易和加工，物流功能等相对薄弱。而且，一些优惠政策并没有落实到位。
国务院发展研究中心李伯溪教授认为，一些保税区在实际运作中并没有严格执行“境内关外”政策，相关优惠政策并没落到实处。她认为，这些保税区政策“有很大的改革开放进展和相当的经济自由化程度，但总体上仍是‘境内关内’的海关特殊监管区”。
2、保税港区：整合多种外向型功能区之功能。
随着经济全球化进程加快和保税区的不足日益显现，保税港区应运而生，成为中国进一步深化改革、扩大开放、带动区域发展的试验基地。
与保税区相比，保税港区的内涵更为丰富，功能更为齐全。从字面上很容易看出，保税港区比保税区多了码头和港口的功能。目前，我国设立的五大保税港区，都是依港而建。世界上知名的
自由贸易区如德国的汉堡港、荷兰的
鹿特丹港，都是与港口相连，并实行区港一体化管理。
3、保税港区：叠加税收、监管等多项优惠政策。
专家认为，实际上，保税区与保税港区，其本质是一致的，即“境内关外，自由免税”，只是保税区的优惠政策不足，且一些优惠政策并未落到实处。与传统保税区相比，保税港区不仅是真正的“境内关外”，还享受税收、监管等各项更为优惠的政策。
在监管方面：保税港区内货物可以自由流转；对保税港区与境外之间进出的货物，不实行进出口许可证件管理；对诚信等级高的企业所申报的危险货物，可视为内陆直接装船，不再开箱查验；对境外进入保税港区的货物，检验检疫部门只检疫不检验；对进入保税港区的国际航行船舶，实施电讯检疫或者码头检疫，一般不再实施锚地检疫。
可以说，保税港区比保税区的功能更多，政策更优，内涵更为丰富，而且，意义更为深远。保税港区是经济自由区的一种表现形式，向国际先进的自由港、自由贸易区迈出了积极的一步。保税港区是世界自由港在中国的一种特殊表现形式，是“中国化”的
自由贸易港。