酸雨不仅对淡水生态系统造成危害，又使土壤酸化，并危害植物根系和茎叶。植物是陆地生态系统的生产者，动物是消费者，微生物是分解者。植物受到危害，动物和微生物相继受到影响，破坏陆地生态系统的平衡。 另一方面还要注意到：酸化土壤游离出来的金属离子随水分运动进入湖泊又影响到淡水生态系统，所以需要密切关注酸雨沉降到地面后的影响过程。 科学家曾经试验给植物浇酸水，只要水的pH值低到3以下，水稻、松树、向日葵等叶子表面就会出现坏死斑点；显微镜下观察叶子表面的毛孔和气孔都受到损害，严重影响光合作用。而且酸水夺去了植物体内的钙镁等物质使植物逐渐衰弱。植物叶子变黄就是因为镁不足，叶绿素难以合成的缘故。松树等针叶树所以对酸雨特别敏感，是因为针叶树全年不落叶，酸雨造成的损害会在针叶中逐年积累起来。酸雨还可使农作物大幅度减产。例如，冬小麦在pH为3.5的酸雨影响下将减产13.7％，pH为2.5时更减产34％。大豆和蔬菜也易受酸雨危害，使产量和质量(蛋白质含量)下降。在欧洲大陆的最北部北极圈附近地区，许多地区的苔藓和地衣因酸雨而消失，所以出现了“地衣沙漠”的名词。可是苔藓地衣是当地驯鹿的冬季主要食物，这就影响到驯鹿的生存、数量、食物链和生态平衡。
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