1856年8月的一天，在德国西北部的尼安德特河流域，一个工人在石灰岩矿里发现了一些骨头，他以为是穴居熊的骨头，就把它收好，并拿给约翰尼·佛罗特看。佛罗特是当地的小学教师，一个热心的自然历史学家。
佛罗特立刻意识到，这个发现远非熊的骨头。它的头骨和人的头骨差不多大，但形状不同，其前额低平，眉骨隆起，鼻子大而突出，门牙很大，后脑勺突起。从所发现的骨骼来判断，它的身体也和人相似，可能比一般的人要矮小和粗壮，并且有力得多。佛罗特认识到，这些骨头的重要意义在于它们是在远古时代的地质沉积物中发现的。这位小学教师与附近波恩大学的解剖学教授赫尔曼·沙夫豪森取得了联系。他同样认为这些骨头很特别，正像他后来所描述的，“这是一个迄今为止还不被人们所知的自然存在物”。沙夫豪森相信，这个工人所发现的确实是一个新的——或者说相当、相当老的——人种类型，我们可以把它称为尼安德特人。沙夫豪森甚至推测，尼安德特人是现代人的古老祖先。
假如教授和小学教师期待着用一种科学的确立来庆祝他们的发现的话，他们只有失望了。因为达尔文在《物种起源》一书中加以清楚说明的进化论，也是在三年后即1859年发表的。当时，对大部分科学家而言，认为人类是从其他物种进化而来，似乎是完全荒谬的，更不用说进化于由这些骨头所代表的一种生物了。当时最著名的病理学家鲁道夫弗吉尔在仔细检查了这些骨头后宣布，他们属于一种普通人类——一种遭受了某种异常疾病的人类。其他专家都赞同此种说法。到了19世纪末，大部分科学领域开始盛行达尔文主义。一些科学家，如法国的加布里埃尔·德·莫提里特再次查看了这些骨头，并坚持认为现代人类是从尼安德特人进化而来的。在法国、比利时以及德国发现的更多的尼安德特人遗骸也为此提供了依据。这些化石可以追溯到3.5万年之前，这样一来，认为他们是病人或现代人的说法就站不住脚了。
但是，以另一位法国人马塞林·鲍尔为首的大多数科学家仍坚决拒绝承认尼安德特人是人类的祖先。鲍尔承认这些骨骼可能很古老，但他并不认为他们与人类有关。鲍尔辩驳道，与其说这个曲膝、粗颈、弯背的尼安德特人像人类，倒不如说它更像猿猴。他认为，如果现代人类与尼安德特人有任何关系的话，唯一可能的是，不管我们真正的祖先是谁，都不可能是这个“退化的物种”。在20世纪的大部分时间里，这种科学分歧在不断加大。一派是莫提里特的追随者。他们认为尼安德特人尽管原始，却是我们直接的祖先。另一派，如鲍尔，他们认为尼安德特人充其量不过是我们的远亲，一种物种进化的终点，注定要被现代人所取代。直到近几年，科学家们才开始尝试着在这两种分歧之间架起桥梁。