巴赫的协奏曲形式多样，他写过两首小提琴与乐队的协奏曲，一首为两把提琴与乐队的协奏曲，他还是音乐史上首先为羽管键琴创作和改编协奏曲的少数作曲家之一。
他的协奏曲代表作是其六首《布兰登堡协奏曲》(BWV1046-1051)。在这套作品中，巴赫除了采用意大利作曲家的协奏曲的原则手法外，还增加了自己的特点，如加强独奏曲与全奏主题的统一，用增长华彩段来扩充乐曲的形式及采用装饰性来展开赋格段(第5首)，又如有的协奏曲只为弦乐而写，没有竞奏的独奏乐器(第3，6首)等。
巴赫共写了四首管弦乐组曲(BWV1066-1069)，它们每一首都以法国序曲作为开始，它们都感情充沛动人，反映了巴赫创作轻松乐观的一面。现在流行的《G弦咏叹调》就是从第三首管弦乐组曲的慢乐章改编的。
此外，他的《音乐的奉献》(有几首键盘乐曲，也有几首未写明固定演奏形式)和《赋格的艺术》(未完成，原意用何种乐器演奏不清楚)都是复调艺术的伟大精品。《音乐的奉献》是1747年他同长子威廉·弗里德曼访问普鲁士腓特烈大帝的宫廷时，根据皇帝指定的主题所作的一系列即兴创作。他先作了一首六部赋格，回到莱比锡后，又改写了一首三部的键盘乐里切卡尔、一首六部键盘乐里切卡尔、十首卡农和一首四个乐章的长笛、小提琴与通奏低音的三重奏鸣曲。《赋格的艺术》有十八首最严格的卡农和赋格，采用了最复杂的对位手法。